З 1683 року Фрідріх Карл був каноніком у Вюрцбурзі, а з 1685 — у Бамбергу. 1701 року отримав малі чини. Згодом відправлений дядьком до Відня як посланець Майнцької архієпархії. 1704 року став каноніком Вюрцбурзького собору, а 1705 — Бамберзького.
Віцеканцлер Священної Римської імперії
1705 року імператор Священної Римської імперії Йосиф I призначив Фрідріха Карла віцеканцлером імперії. На цій посаді Шенборн перебував до 1734 року. Пріоритетними завданнями Шенборна були запобігання впливу Пруссії у південнонімецьких державах, захист малих імперських станів, підвищення авторитету імперії. Шенборн сприяв Габсбургам у їхньому протистоянні з папою за вплив на церковні справи. У 1717—1719 роках Фрідріх Карл збудував у Відні будинок, де він займався державними справами як віцеканцлер і в якому наразі розміщено Федеральну канцелярію Австрії(інші мови). Також Шенборн керував будівництвом крила імператорської канцелярії у Гофбурзі за проєктом Йоганна Лукаса фон Гільдебрандта. Як особисті й родинні резиденції Шенборн побудував палац Блауер Гоф і палац(інші мови) поблизу Геллерсдорфа(інші мови).
1708 року Фрідріх Карл був призначений бамберзьким єпископом-коад'ютором. У ході виборів вюрцбурзького єпископа 1724 року Фрідріха Карла не було обрано через поганий авторитет його брата Йоганна Філіппа Франца. Натомість 1729 року на цю єпископську кафедру Шенборна обрали одноголосно. Того ж року у зв'язку зі смертю дядька Лотара Франца Фрідріх Карл був обраний бамберзьким єпископом.
Зі смертю дядька Фрідріх Карл успадкував значну частину його володінь, зокрема палац Вайсенштайн та землі в комітаті Береґ на Закарпатті. 5 лютого 1729 року імператор Карл VI передав у володіння Шенборна ще й замок Сент-Міклош у Чинадієві поблизу Мукачева. Відтак Фрідріх Карл, володіючи 2300 квадратними кілометрами землі в Береґу, став другим за площею володінь землевласником в Угорщині[7]. 1730 року Фрідріх Карл видав переселенський патент, у якому закликав селян зі своїх єпископських володінь у Франконії переселятися на Закарпаття. Патент поклав початок першій хвилі німецької колонізації Закарпаття у XVIII столітті. Німецькі колоністи селилися в Мукачеві та навколишніх селах Верхній Коропець, Березинка, Паланок, Павшино та інші, їм надавалися певні привілеї, зокрема звільнення від податків на певний час[8][9][10][11].
Фрідріх Карл фон Шенборн виступав проти ухвалення Прагматичної санкції 1713 року. Згодом він став усе рідше з'являтися при імператорському дворі. Це спричинило зменшення його впливу на початку 1730-х років. 1734 року його звільнили з посади віцеканцлера.
Останні роки
Після звільнення Фрідріх Карл фон Шенборн залишався вірним прихильником Габсбурзького дому, зокрема під час війни за австрійську спадщину 1740-х років. У жовтні 1744 року Шенборн виступив посередником у переговорах між ерцгерцогинею Марією Терезією з роду Габсбургів та імператором Карлом VII Віттельсбахом[12].
Від звільнення до смерті Фрідріх Карл проживав переважно у Вюрцбурзі, що був його улюбленою резиденцією. Під керівництвом Шенборна вюрцбурзький архітектор Бальтазар Нейман завершив будівництво Вюрцбурзької резиденції (розпочато братом Фрідріха Карла) й каплиці Шенборнів (Schönbornkapelle) у Вюрцбурзькому соборі. Також Нейман збудував для Шенборна літню резиденцію у Вернеку. Також 1740 року Шенборн придбав палац Баттяні(інші мови) у віденському Іннере-Штадті.
Своє автократичне правління у двох князівствах-єпископствах, бамберзькому й вюрцбурзькому, Шенборн присвятив реорганізації адміністративних, фінансових та освітніх аспектів. 1735 року Шенборн додав до Бамберзької академії факультети права й медицини і надав їй статус університету. 1743 року Шенборн оновив навчальні регуляції Вюрцбурзького університету. 1736 року Шенборн запровадив у Вюрцбурзі адорацію.
Фрідріх Карл фон Шенборн помер 26 липня 1746 року у Вюрцбурзі й був похований у каплиці Шенборнів Вюрцбурзького собору. Оскільки Фрідріх Карл не мав дітей і не був одружений, його володіння перейшли до родичів. Зокрема, землі в комітаті Береґ на Закарпатті перейшли до його племінника Ойгена-Ервіна.
↑Павленко Г. В. Німці на Закарпатті: колонізаційні і міграційні процеси у ХVIII - ХХ ст. / Е.А. Балагурі, В.Є. Задорожний, Р.Ф. Кирчів, М.П.Тиводар та ін // CARPATICA — КАРПАТИКА. — Ужгород : ВАТ "Патент", 1999. — Вип. 6 : Етнічні та історичні традиції населення Українських Карпат кінця XXVIII — XX ст. — С. 146-147.