Після переможного молодіжного чемпіонату Південної Америки 2007 року Фагнер перейшов у нідерландський ПСВ. 25 серпня в матчі проти НЕКа він забив свій перший гол у Ередивізі[1]. Проте через високу конкуренцію Фагнер майже не виходив на поле, взявши участь всього у 3 поєдинках чемпіонату. Незважаючи на це, він зміг стати чемпіоном Нідерландів та завоювати національний кубок.
У 2009 році Фагнер повернувся на батьківщину, підписавши контракт з «Васко да Гамою». 11 липня в матчі проти клубу «Понте-Прета» він дебютував за новий клуб[2]. 24 жовтня в поєдинку проти «Байї» Фагнер забив свій перший гол за «Васко»[3]. У тому ж році він допоміг команді виграти Серію B і вийти в еліту. У 2011 році Фагнер допоміг команді завоювати Кубок Бразилії і потрапив в символічну збірну за підсумками сезону.
У 2012 році німецький «Вольфсбург» за 3 млн євро викупив трансфер Фагнера. Контракт був підписаний на чотири роки. 25 серпня в матчі проти «Штутгарта» він дебютував у Бундеслізі[4]. По закінченні сезону Фагнер затужив за батьківщиною і висловив бажання повернутися в Бразилію. Влітку 2013 року, він на правах оренди повернувся в «Васко да Гама», а на початку 2014 року був орендований своїм рідним клубом «Корінтіансом». 5 лютого 2015 року в матчі першого етапу Кубка Лібертадорес проти колумбійського «Онсе Кальдаса» Фагнер забив свій перший гол на міжнародному рівні[5]. У 2015 році він допоміг команді виграти чемпіонат Бразилії. Станом на 24 травня 2018 року відіграв за команду з Сан-Паулу 128 матчів в національному чемпіонаті.
