У 1993 році Фабіан повернувся на батьківщину, де рік провів в клубі «Універсідад де Чилі» і вдруге став чемпіоном Чилі і володарем національного Кубка. Влітку того ж року Естай прийняв запрошення грецького«Олімпіакоса», але через високу конкуренцію не зміг повноцінним футболістом основного складу. У 1995 році він завоював срібні медалі грецької Суперліги. У тому ж році Естай знову повернувся на батьківщину, уклавши угоду з «Коло-Коло».
У 2005 році він переїхав у Колумбію, де недовго виступав за клуб «Америка де Калі». Завершив професійну ігрову кар'єру на батьківщині у клубі «Палестіно», за який недовго виступав протягом 2006 року.
Він зіграв останній матч у збірній у квітні 2001 проти Уругваю (0:1). Всього протягом кар'єри у національній команді, яка тривала 12 років, провів у формі головної команди країни 69 матчів, забивши 5 голів.