Хоча Сан-Андрес і входить до складу Колумбії, але розташований приблизно за 750 км на північ від материкової частини країни. Архіпелаг охоплює загальну площу 57 км2, а сам острів — 26 км2. У 2000 році острів став частиною Біосферного заповіднику морських квітів з метою забезпечення збереження різноманітної екосистеми острова.