Під час Української революції воював проти української армії. Потім був командиром у Червоній армії. У травні 1938 року його обрали головою Путивльської районної ради Тсоавіахіму.
У 1938 році органи НКВС заарештували С. Руднєва, звинувативши його у шпигунстві, скоєнні диверсії та контрреволюційній діяльності. Однак після недовгого перебування в ув'язненні він у 1939 році був звільнений. На пропозицію повернутися до Червоної армії Руднєв відмовився, про що потім шкодував.
Дослідження стоденного Карпатського рейду 1943 року Сумського партизанського з'єднання під проводом генерал-майора Сидора Ковпака можна знайти в посиланнях. Під час цього походу брав участь у бойових зіткненнях із загонами УПА.
Відповідно до ранньої радянської офіційної версії, у бою біля Заріччя[2] у вересні 1943 року був тяжко поранений і за нез'ясованих обставин загинув разом зі своїм старшим сином Радієм. Згідно з пізнішими даними, відкритими під час "гласності" наприкінці 1980-х —на початку 1990-х років (газета "Правда"), Семена Руднєва, як недостатньо лояльного Москві, застрелила двома пострілами у скроню радистка спецгрупи П. Вершигори Анна Туркіна (Лаврухіна), яка мала персональне спецзавдання.
Левко Лук'яненко, хоч і не займався історичними дослідженнями з цієї теми, пише:[3]
То може з новітньою історією Ви краще знайомі й знаєте, що комісара ковпаківського партизанського загону Руднєва чекісти в спину вбили за його намір домовитися з УПА про спільну боротьбу супроти фашистів?
Версію про вбивство С.Руднєва висунув учасник партизанського руху, соратник С. Руднєва і С. Ковпака Герой Радянського Союзу Петро Брайко, але не зміг навести жодних документальних доказів на її користь. Крім того, тих людей, які за твердженням П.Брайка, могли б підтвердити інформацію про вбивство С.Руднєва, немає серед живих. Доки ж вони були живі, П.Брайко чомусь не озвучував свою версію.
Дмитро Веденєєв, заступник голови Українського інституту національної пам'яті, вважає що офіційна версія є правдивою.
