Згідно з Указом Президії Верховної Ради Башкирської АРСР «Про перетворення Ради Народних Комісарів Башкирської АРСР» від 26 березня 1946 року Рада народних комісарів була перетворена в Раду міністрів, а народні комісаріати на міністерства автономної республіки.
У 1990 році була перетворена у Раду міністрів Башкирської РСР — Башкортостану, а в 1992 році — у Раду міністрів Республіки Башкортостан.
У 1993 році перетворена в Кабінет міністрів Республіки Башкортостан, а в 2002 році в Уряд Республіки Башкортостан.
Структура
Формувався Верховною Радою Башкирської АРСР. Рада міністрів координувала роботу міністерств, державних комітетів та інших підвідомчих органів, та здійснювала єдине міжгалузеве управління на території автономної республіки.
Рада міністрів складалася з голови, його заступника з двома помічниками, секторів (управління справами, організаційно-інструкторського, промислового, сільського господарства, культури та охорони здоров'я, спеціального, кадрів, загального) та груп (паливної, тваринництва, товарів широкого вжитку).
У 1965—1970 роках в Уряд Башкирської АРСР були введені посади референта (3 чол.) і інспектора, створені організаційно‑інструкторський, сільського господарства, промисловості, побутового обслуговування і торгівлі, культури, освіти та охорони здоров'я, загальний відділи.
У 1970 році до складу Ради міністрів входили міністри (побутового обслуговування населення, внутрішніх справ, житлово-комунального господарства, охорони здоров'я, культури, лісового господарства, меліорації та водного господарства, місцевої промисловості, освіти, сільського господарства, соціального забезпечення, паливної промисловості, торгівлі, фінансів, юстиції), голови державних комітетів (народного контролю, із телебачення і радіомовлення, безпеки), голови державних комісій (планової, об'єднання «Сільгосптехніка»), начальники управлінь (кінофікації, архівного, у справах видавництв, поліграфії та книжкової торгівлі, у справах будівництва і архітектури, використання трудових ресурсів, постачання та збуту), начальник відділу цін.