26 травня1943 року лейтенант Є. П. Прохоров чотири рази вилітав на бойові завдання. Особисто знищив 3 гармати і до 40 солдатів і офіцерів противника. В останньому вильоті винищувачі противника своїм вогнем зрубали кіль і кермо висоти штурмовика. Незважаючи на пошкодження, льотчик привів машину на свій аеродром.
9 серпня1943 року лейтенант Є. П. Прохоров водив три групи на штурмовку резервів противника в районі станиці Галюгаевської (Ставропольський край). Разом зі своїм веденим повністю розгромив колону противника, підірвав склад з боєприпасами. До середини серпня 1943 року лейтенант Є. П. Прохоров здійснив 65 успішних бойових вильотів, в результаті яких були знищені 6 танків, 14 автомашин, 13 гармат польової і зенітної артилерії і до 180 солдатів і офіцерів противника. За свої дії наказом по 4-й повітряній армії № 081/н від 24 вересня1943 року нагороджений орденом Червоного Прапора.
13 вересня1943 року вилетів провідним групи на штурмовку автоколони противника в районі села Новокримського (Джанкойський районКриму). В результаті дев'яти заходів автоколона з 40 автомашин була майже повністю знищена. 14 вересня1943 року водив дві групи на штурмовку артилерійських позицій противника в районі села Кеслерового (Кримський районКраснодарського краю). До середини жовтня 1943 року командир авіаційної ескадрильї старший лейтенант Є. П. Прохоров здійснив 72 успішних бойових вильотів. За свої дії був представлений до нагородження орденом Червоного Прапора. Наказом по 4-й повітряної армії № 083/н від 25 жовтня1943 року нагороджений орденом Олександра Невського.
До жовтня 1944 року старший лейтенант Є. П. Прохоров здійснив 117 успішних бойових вильотів, завдав противнику великих втрат у живій силі і техніці. Особисто знищив 9 танків, 28 автомашин з військами й вантажем, 14 гармат різного калібру, 11 точок зенітних кулеметів, 32 вози з вантажем, 6 мінометів, до 400 солдатів і офіцерів противника, в груповому вильоті потопив 2 баржі з військами. Командуванням авіаційного полку був представлений до присвоєння звання «Герой Радянського Союзу». 24 грудня1944 року водив 16 штурмовиківІл-2 на знищення танків та залізничних ешелонів в районі міста Тати (Угорщина). Група точно вийшла на ціль і знищила ешелон. 4 січня1945 року в складних метеоумовах тричі водив групи штурмовиків на знищення противника. В одному з вильотів група була зустрінута 40 винищувачами Фокке-Вульф Fw-190 і 14 Мессершмітт Bf.109. Незважаючи на протидії противника, бойове завдання було успішно виконане, збиті 2 винищувача.
До середини травня 1945 року капітан Є. П. Прохоров загалом зробив 142 успішних бойових вильотів. За свої дії наказом по 17-й повітряній армії № 081/н від 9 червня1945 року нагороджений другим орденом Червоного Прапора.
Член ВКП(б) з 1945 року. З 1946 року майор Є. П. Прохоров — в запасі. Закінчив школу льотної підготовки Цивільного повітряного флоту СРСР, працював командиром корабля авіаційного підприємства в Києві. Помер 14 квітня1969 року. Похований на Байковому кладовищі (ділянка № 50).