1958 р. — початок наукової діяльності, яка була пов'язана з роботою відділу систематики та флористики судинних рослин (у різні роки назва відділу змінювалась) Інституту ботаніки ім. М. Г. Холодного НАН України
1958-1961 рр. — працювала на посаді старшої лаборантки у вище зазначеному інституті
1959 р. — перша експедиція під керуванням професора Котова. Її маршрут охоплював Донбас, Кавказ і Крим. Віра Протопопова зробила своє перше «маленьке ботанічне відкриття» — виявила рідкісну орхідею, кримський ендемічний вид, ремнепелюстник козячий (Himantoglossum caprinum (M. Bieb.) Spreng.)
1966 р. — успішно захистила кандидатську дисертаційну роботу з теми «Адвентивні рослини Лісостепу і Степу». Науковим керівником був професор, доктор біологічних наук Котов Михайло Іванович. Нагороджена Почесною Грамотою Президії НАН України
1989 р. — захистила докторську дисертацію з теми «Синантропна флора України», основа якої була закладена під час численних експедицій у різні регіони України (Закарпаття, Полісся, Поділля, Причорномор'я, Крим, Донбас та інші), на Кавказ, у Центральну Росію
З 1992 року — провідна наукова співробітниця Інституту ботаніки ім. М. Г. Холодного НАН України
1997 р. — удостоєна Премії НАН України імені М. Г. Холодного за цикл наукових праць «Теоретичні та прикладні аспекти природної диференціації та синантропізації спонтанної флори України»
2003-2006 рр. — працювала професором кафедри біології, читала лекції, проводила навчально-польову практику, консультувала студентів і аспірантів, виступала з доповідями на наукових конференціях у Переяслав- Хмельницькому державному педагогічному університеті імені Григорія Сковороди
До числа наукових інтересів входять також проблеми охорони рослинного світу. Віра Вікторівна — один із активних авторів та учасників підготовки видань Червоної книги України (1978, 1996, 2009) і Червоної книги Азовського регіону 2012.