Провулок виник у 50-х роках XX століття під назвою 312-та Нова вулиця. Назву провулок Бакинських комісарів отримав у 1953 році[1], на честь бакинських комісарів — комуністичних революційних діячів у Баку. До 2001 року сусідня Азербайджанська вулиця мала назву вулиця Бакинських комісарів.
У вересні — листопаді 2015 року Київська міська державна адміністрація провела громадське обговорення щодо перейменування провулку на честь радянського азербайджанського і російського оперного та естрадного співака Мусліма Магомаєва[4]. Враховуючи негативні результати обговорення[5], комісія з питань найменувань при Київському міському голові розглянула інші варіанти перейменування та надала свої рекомендації[6][7].
