Навчався в Ньюпорті, штат Род-Айленд, після чого у 1799 році вступив на службу в ВМФ США у званні мічмана.
Під час Першої берберійської війни сужив на фрегаті «Адамс»[2], пізніше став першим лейтенантом на шхуні «Наутілус». Потім служив на фрегатах «Конституція» та «Ессекс». Він був призначений для будівництва канонерських човнів у Ньюпорті та Вестерлі, штат Род-Айленд.
Починаючи з квітня 1809 року він командував шлюпом «Помста».
10 вересня 1813 кораблі Перрі здобули перемогу над англійцями в битві на озері Ері. Під час бою флагманський корабель Перрі «Лоуренс» був сильно пошкоджений і він був змушений покинути його під вогнем противника.