Обговорення шаблону:Еукаріоти

__DTSUBSCRIBEBUTTONDESKTOP__{"headingLevel":2,"name":"h-Brunei-2020-09-16T22:04:00.000Z","type":"heading","level":0,"id":"h-\u0414\u0436\u0435\u0440\u0435\u043b\u0430-2020-09-16T22:04:00.000Z","replies":["c-Brunei-2020-09-16T22:04:00.000Z-\u0414\u0436\u0435\u0440\u0435\u043b\u0430","c-\u0421\u0442\u0435\u0444\u0430\u043d\u043a\u043e1982-2020-09-19T12:43:00.000Z-\u0414\u0436\u0435\u0440\u0435\u043b\u0430","c-Olvin-2020-10-02T15:24:00.000Z-\u0414\u0436\u0435\u0440\u0435\u043b\u0430"],"text":"\u0414\u0436\u0435\u0440\u0435\u043b\u0430","linkableTitle":"\u0414\u0436\u0435\u0440\u0435\u043b\u0430"}-->

Джерела

Найсвіжіший коментар: 4 роки тому9 коментарів3 особи в обговоренні
__DTSUBSCRIBEBUTTONMOBILE__{"headingLevel":2,"name":"h-Brunei-2020-09-16T22:04:00.000Z","type":"heading","level":0,"id":"h-\u0414\u0436\u0435\u0440\u0435\u043b\u0430-2020-09-16T22:04:00.000Z","replies":["c-Brunei-2020-09-16T22:04:00.000Z-\u0414\u0436\u0435\u0440\u0435\u043b\u0430","c-\u0421\u0442\u0435\u0444\u0430\u043d\u043a\u043e1982-2020-09-19T12:43:00.000Z-\u0414\u0436\u0435\u0440\u0435\u043b\u0430","c-Olvin-2020-10-02T15:24:00.000Z-\u0414\u0436\u0435\u0440\u0435\u043b\u0430"],"text":"\u0414\u0436\u0435\u0440\u0435\u043b\u0430","linkableTitle":"\u0414\u0436\u0435\u0440\u0435\u043b\u0430"}-->

Стефанко1982, а звідки ця система? І якого року ці пропозиції? Бо там же Кавальє-Сміт щороку щось штампує. )--Brunei (обговорення) 22:04, 16 вересня 2020 (UTC)Відповісти

@Brunei: Тут без заморочок: єдине джерело - англіська вікіпедія. Там джерело не вказане, але судячи з СО, шаблон створено одним з користувачів, а згодом доопрацьований Спільнотою.--Стефанко1982 (обговорення) 11:38, 17 вересня 2020 (UTC)Відповісти
@Brunei та Стефанко1982: Щось схоже описано в огляді Ястребова на «Элементах»[1].
Але (щонайменше) маю великий сумнів у доцільності включення в шаблон систематичних групп TSAR та Halvaria:
  • Групу Halvaria (Heterokonta [= Stramenopiles] + Alveolata) запропонував Кавальє-Сміт 2010 року[2], однак, підтримки пропозиція не здобула. У дослідженні 2016 зроблено висновок, що об'єднувати слід скоріше Alveolata + Rhizaria[3].
    2017 року питання «З чим же об'єднувати ризарій?» докладно розглядалося окремо[4], але до якогось конкретного висновку там не дійшли;
  • Групу TSAR (SAR + Telonemia) запропоновано вельми недавно (препринт — 30 серпня 2018, публікація у Molecular Biology and Evolution - квітень 2019)[5] і навряд чи за якийсь рік, що минув від публікації, ця систематика могла отримати загальне визнання (хоча галузь і розвивається досить швидко).
    Цікаво, що в англійському шаблоні відповідну зміну зроблено о 2018-09-29T16:00:52 (до публікації препринту?) І на сторінці обговорення англійського шаблону про це ані слова... --Olvin (обговорення) 18:54, 18 вересня 2020 (UTC)Відповісти
--Olvin (обговорення) 13:14, 17 вересня 2020 (UTC)Відповісти

@Olvin: Фактично я не вважаю шаблон 100-відсотково правдивим і не проти деяких змін в ньому. Але вважаю шаблон досить важливим, бо завдяки йому можна з любої статті про велику групу еукаріот, побачити розташування цієї групи (або інших) у систематиці. Взагалі було б чудово точніше розкрити еволюційні зв'язки великих груп. Наприклад, я помітив, що Hemimastigophora є близькою до Diaphoretickes, але в шаблоні вони розташовані у різних куточках, ніби чужі. Якщо Ви маєте бажання вдосконалити його і зробити кращим ніж в англійців, я лише обома руками за. --Стефанко1982 (обговорення) 12:43, 19 вересня 2020 (UTC)Відповісти

@Стефанко1982: За Ястребовим[1]:
«ветвь гемимастигофор берет начало где-то в самом основании мегаствола Diaphoretickes. Она является сестринской по отношению то ли к группе, включающей SAR и гаптистов, то ли ко всем Diaphoretickes вообще.»
Остаточно не з'ясовано, значить, має бути в incertae sedis. А щоб було більш-менш зрозуміло, слід розташувати одразу після Diaphoretickes.
До речі, в групу incertae sedis слід включати і Discoba, Metamonada, Malawimonada:
«dropped the supergroup Excavata in favour of the informal Excavates when referring to the “Discoba, Metamonada, Malawimonada”, as incertae sedis in eukaryotes.» Adl et al. 2018[6]
А от те, з чого зараз складено incertae sedis (Акрітархи, Rangeomorpha, Gakarusia, Galaxiopsis, Grypania, Leptoteichos), маю намір прости викинути з шаблона.
--Olvin (обговорення) 20:34, 21 вересня 2020 (UTC)Відповісти
YesТак Зроблено
Заразом додав колорифікацію тла для деяких таксонів, як в англійському шаблоні. Кольори задаються через шаблон {{Taxobox colour}}. У нас ці кольори задано трохи інші, ніж в англійському розділі.
--Olvin (обговорення) 13:07, 2 жовтня 2020 (UTC)Відповісти
@Olvin: Дякую, що покращили шаблон.--Стефанко1982 (обговорення) 14:17, 2 жовтня 2020 (UTC)Відповісти

@Brunei та Стефанко1982:
Надибав свіженьку статтю[7], в якій (за твердженням авторів) подано консенсусний вигляд дерева еукаріотів (малюнок звідти наведено). Загалом класифікація відповідає Adl et al. 2018[6], єдина відмінність — додано TSAR (Telonemia + SAR). Сумнівів щодо усталеності саме такої класифікації еукаріотів не маю. Зокрема, її повторює й Ястребов. Слід тільки розуміти, що якщо це й консенсус, то станом десь на минулий, 2019 рік. Основні відмінності від поточної версії шаблона:

  • таксони Picozoa та Ancoracysta (=Alveidia) на малюнку подано як окремі (Orphan Taxa) на другому рівні класифікації. У поточній же версії шаблона перший таксон включено до Archaeplastida, а другий — об'єднано з Haptista (в A+H).
  • На малюнку немає таксонів Eolouka, Loukozoa, запропонованих у свій час Кавалье-Смітом[8]: таксони Ancyromonadida, Malawimonadida, Metamonada подано окремими гілками на першому (від кореня) рівні, поряд із Discoba та вже згаданим Hemimastigophora.
Отже, питання:
  • Чи достатньо авторитетна наведена публікація, що привести шаблон у відповідність до неї?
  • Є ще щось, що варто було б врахувати?
  • Чи не варто додати до шаблона наведений малюнок?
--Olvin (обговорення) 15:24, 2 жовтня 2020 (UTC)Відповісти


  1. ↑ а б Сергей Ястребов (06.02.2019). Случайно открытый жгутиконосец обновляет систему эукариот. Новости науки на «Элементах». Процитовано 15 липня 2020.(рос.)
  2. ↑ Cavalier-Smith T (June 2010). Kingdoms Protozoa and Chromista and the eozoan root of the eukaryotic tree. Biol. Lett. 6 (3): 342—5. PMC 2880060. The Alveolata/Heterokonta grouping (new clade halvaria) and likely eventual need to transfer Alveolata into Chromista were long foreseen
  3. ↑ He, Ding; Sierra, Roberto; Pawlowski, Jan; Baldauf, Sandra L. (1 квітня 2016). Reducing long-branch effects in multi-protein data uncovers a close relationship between Alveolata and Rhizaria.
  4. ↑ Anders K. Krabberød, Russell J.S. Orr, Jon Bråte, Tom Kristensen, Kjell R. Bjørklund, Kamran Shalchian-Tabrizi (2017 Mar 1). Single Cell Transcriptomics, Mega-Phylogeny, and the Genetic Basis of Morphological Innovations in Rhizaria. Mol Biol Evol. 34(7): 1557—1573. doi:10.1093/molbev/msx075. PMC 5455982. PMID 28333264.
  5. ↑ Jürgen F H Strassert, Mahwash Jamy, Alexander P Mylnikov, Denis V Tikhonenkov, Fabien Burki (April 2019) [Posted August 30, 2018]. New Phylogenomic Analysis of the Enigmatic Phylum Telonemia Further Resolves the Eukaryote Tree of Life. Molecular Biology and Evolution. 36 (4): 757—765. doi:10.1093/molbev/msz012. We propose the moniker “TSAR” to accommodate this new mega-assemblage in the phylogeny of eukaryotes.
  6. ↑ а б Sina M. Adl, David Bass, Christopher E. Lane, Julius Lukeš, Conrad L. Schoch, Alexey Smirnov, Sabine Agatha, Cedric Berney, Matthew W. Brown, Fabien Burki, Paco Cárdenas, Ivan Čepička, Lyudmila Chistyakova, Javier del Campo, Micah Dunthorn, Bente Edvardsen, Yana Eglit, Laure Guillou, Vladimír Hampl, Aaron A. Heiss, Mona Hoppenrath, Timothy Y. James, Anna Karnkowska, Sergey Karpov, Eunsoo Kim, Martin Kolisko, Alexander Kudryavtsev, Daniel J.G. Lahr, Enrique Lara, Line Le Gall, Denis H. Lynn, David G. Mann, Ramon Massana, Edward A.D. Mitchell, Christine Morrow, Jong Soo Park, Jan W. Pawlowski, Martha J. Powell, Daniel J. Richter, Sonja Rueckert, Lora Shadwick, Satoshi Shimano, Frederick W. Spiegel, Guifré Torruella, Noha Youssef, Vasily Zlatogursky, Qianqian Zhang (26 September 2018). Revisions to the Classification, Nomenclature, and Diversityof Eukaryotes. Journal of Eukaryotic Microbiology. 66: 4—119. doi:10.1111/jeu.12691.
  7. ↑ Fabien Burki; Andrew J. Roger; Matthew W. Brown; Alastair G.B. Simpson (October 09, 2019) [published JANUARY 01, 2020]. The New Tree of Eukaryotes. A Cell Press. 35 (1): 43—55. doi:10.1016/j.tree.2019.08.008. {{cite journal}}: Cite має пустий невідомий параметр: |1= (довідка)
  8. ↑ Thomas Cavalier-Smith, Ema E. Chao, Rhodri Lewis (17 квітня 2018). Multigene phylogeny and cell evolution of chromist infrakingdom Rhizaria: contrasting cell organisation of sister phyla Cercozoa and Retaria. Protoplasma (англ.). Springer Vienna. 255 (5): 1517—1574. doi:10.1007/s00709-018-1241-1. PMC 6133090. PMID 29666938. Previously, Neolouka (Malawimonas only) and Metamonada were cautiously treated as distinct phyla (Cavalier-Smith et al. 2015a), but as they are not morphologically distinct enough for separate phylum rank [as Cavalier-Smith (2013b) explained], we hereby formally reverse this and retain Metamonada and Neolouka as subphyla of phylum Loukozoa (as in Cavalier-Smith 2013b p. 121) but Loukozoa is here revised by excluding former subphylum Eolouka (Jakobea and Tsukubamonas) and raising it to phylum rank, with Eolouka Cavalier-Smith phyl. n. having the same diagnosis and composition as subphylum Eolouka (Cavalier-Smith 2013b p. 121). This formalises revisions that Cavalier-Smith (2018) informally made when redefining neokaryotes as comprising scotokaryotes, Neozoa and Corticata, and more precisely defining excavates as a purely informal group (organisational grade, not clade) comprising only Loukozoa and Jakobea. Thus Loukozoa (in protozoan subkingdom Neozoa) are now split into only two morphologically and phylogenetically distinct subphyla, whereas Eolouka is one of only three phyla of protozoan subkingdom Eozoa, now more narrowly defined than in Ruggiero et al. (2015) in recognition of thus-revised Loukozoa being probably the deepest branch of the scotokaryote clade and thus sister to podiates.