Наттхапхонг Самана розпочав виступи у професійному футболі в 2004 році в складі клубу «Крунг Тай Банк». У 2007 році футболіст перейшов до складу клубу «Чонбурі», в складі якого в цьому ж році став чемпіоном Таїланду. У наступні 4 роки футболіст 4 рази вигравав Кубок Короля. У 2010 році Наттхапхонг у складі клубу став володарем Кубка Таїланду. З початку 2015 року футболіст грав у складі команди «Супханбурі». У 2020—2022 роках Наттхапхонг грав у складі клубу «Чіангмай Юнайтед», після чого завершив виступи на футбольних полях.