Провулок виник наприкінці XIX століття під назвою 1-й Церковний. Назву Міжгірний провулок отримав 1940 року[1] (повторні рішення про перейменування — у 1944[2] та 1952[3] роках). Ліквідований наприкінці 1970-х рр. — на початку 1980-х років у зв'язку зі знесенням старої забудови та переплануванням.