Народився 18 грудня1988 року в місті Кафр-еш-Шейх. Вихованець футбольної школи клубу «Аль-Аглі». Дорослу футбольну кар'єру розпочав 2007 року в основній команді того ж клубу, в якій провів два сезони, але зіграв за цей час лише в одній грі чемпіонату, ставши таким чином чемпіоном сезону 2007/08.
У 2009 році в пошуках ігрової практики Мохамед перейшов в «Ель-Ґеїш». Відіграв за каїрську команду наступні три сезони своєї ігрової кар'єри, після чого на початку 2013 року був відданий в оренду в «Харас Ель Годуд».
Влітку 2013 року Мохамед підписав контракт з клубом «Петроджет», де три наступні сезони відіграв майже без замін. Влітку 2016 року Ель-Шенави повернувся в «Аль-Аглі», якому в першому ж сезоні допоміг виграти чемпіонат та завоювати Кубок Єгипту. У 2018 році Мохамед втретє у кар'єрі став чемпіоном країни. Станом на 1 червня 2018 року відіграв за каїрську команду 26 матчів в національному чемпіонаті.
