У дорослому футболі дебютував 1999 року виступами за команду клубу «Янг Бойз», в якій провів три сезони, взявши участь лише у 2 матчах чемпіонату.
2002 року Марко перейшов в «Тун», з яким добився підвищення в класі. В «Туні» Велфлі проявив себе як перспективний гравець і влітку 2003 року знову повернувся в «Янг Бойз», де відразу став основним голкіпером. Перед початком сезону 2009/10 став капітаном «Янг Бойз», замінивши на цьому посту багаторічного капітана Томаса Хаберлі, який завершив професійну кар'єру[1].
В грудні 2013 року отримав травму ахіллового сухожилля і на тривалий час вибув з гри. За цей час дублер Велфлі Івон Мвого добре себе проявив і витіснив Марко з основи, який після відновлення став лише дублером Мвого. Всього встиг відіграти за бернську команду 342 матчі в національному чемпіонаті.
.svg){kind=small}
