Особливо відзначився під час нічного бою 27 липня 1828 року поблизу Варни, коли загін російських гребних суден під командуванням капітана В. І. Меліхова переміг турецьку флотилію і на буксирі доправив її до своєї ескадри. В цьому бою отримав кульове поранення в груди, за що нагороджений орденом Святого Георгія IV ступеня.
Після закінчення війни присвятив себе гідрографії. Займався описом узбережжя Чорного та Азовського морів. У 1832 році склав «Частную карту залива Новоногайска в Азовском море»[1] (Новоногайськом тоді називалося поселення біля узбережжя Бердянської затоки), а у 1833 році підготував опубліковану в 1841 році «Генеральную карту Азовского моря и рейд Бердянский»[2]. В січні 1837 року отримав звання капітан-лейтенанта.
У 1838 році, як командир пароплава «Колхіда», а згодом шхуни «Забіяка», вів бойове крейсерство поблизу абхазьких берегів. Одночасно здійснював проміри морських глибин. У 1942 році нагороджений орденом Святого Станіслава ІІ ступеня.
У 1845—1848 роках за згоди турецького султана очолював гідрографічну експедицію, яка на корветі «Гюлі-Сефід» і шхуні «Містика» досліджувала дно Мармурового моря від Босфору до Дарданел. За результатами експедиції було складено топографічні мапи всього моря і його проток, а також видана перша лоція Мармурового моря.
У 1850—1853 роках М. П. Манганарі перебував у Петербурзі при гідрографічному департаменті Морського міністерства, де йшов друк мап Мармурового моря.
У 1853 році призначений керуючим Чорноморською штурманською ротою. 8 вересня 1853 року отримав звання контр-адмірала.
У 1862 році М. П. Манганарі нагороджений орденом Святого Володимира ІІІ ступеня «з мечами» й призначений у Чорноморську флотилію.
У 1863—1873 роках виконував обов'язки командира Севастопольського й головного командира Миколаївського портів. 1 січня 1864 року Михайлу Павловичу присвоєно звання віце-адмірала.
У 1873—1875 роках, за відсутності віце-адмірала М. А. Аркаса, відкликаного до Петербурга, виконував обов'язки головного командира Чорноморського флоту і портів.