Народилась 6 жовтня 1585 року в Ольденбурзі. Була шостою дитиною та четвертою донькою в родині графа Ольденбургу та володаря ЄферуЙоганна VII та його дружини Єлизавети Шварцбурзької. Мала старшого брата Антона Ґюнтера та сестер Анну, Єлизавету та Катерину. Ще один брат помер в ранньому віці до її народження.
12 березня 1612 року відбулися заручини Магдалени з князем Ангальт-Цербсту.[2]
У 26-річному віці стала дружиною 35-річного удового князя Ангальт-Цербсту Рудольфа. Весілля пройшло 31 серпня 1612 року в Ольденбурзі. Наречений отримав добру освіту, був відомий своїми політичними здібностями. Від першого шлюбу з Доротеєю Ядвіґою Брауншвейзькою мав двох малолітніх доньок. Магдалена отримала великий посаг у розмірі 20 000 талерів готівкою та 5 000 коштовностями, також була включена до батьківського заповіту, що було нетиповим для того часу. Шлюбний договір регулював і питання віри: Рудольф сповідував реформатство, в той час як Магдалена була лютеранкою. За свідченнями літописця Бекманна, наречений зобов'язався не примушувати Магдалену «в питаннях совісті та віри», їй дозволялося також мати власного лютеранського проповідника.[3]
У жовтні молодята прибули до Цербсту. У них народилося двоє спільних дітей:
Єлизавета (1617—1639) — одружена не була дітей не мала;
Йоганн (1621—1667) — князь Ангальт-Цербсту у 1621—1667 роках, був одружений з принцесою Шлезвіг-Гольштейн-Готторпської Софією Августою, мав тринадцятеро дітей.
Резиденцією сімейства слугував Цербстський замок, в якому тривали оновлення та перебудови. Поруч були розбиті сади та город. На початку 1621 року заклали нову будівлю палацу, але завершена вона була вже після смерті князя, у 1623 році. Оскільки Рудольф віддавав перевагу дуже скромному способу життя, двір обмежувався лише необхідною кількістю слуг.[3]
На початку серпня 1621 року Рудольф захворів. Вирішивши державні справи та склавши заповіт, 19 серпня він попрощався з дружиною, дітьми, радниками та слугами і наступного дня помер. Опікунство над їхнім єдиним сином та доньками було призначене князю Ангальт-Пльоцкау Августу. Магдалена мала йому допомагати «словом і ділом».[4]
Часи Тридцятилітньої війни стали важким випробуванням для княгині. Через погрози вона вимушено залишила Цербст. 1622 року він був захоплений ворожими військами, населення дуже постраждало. Сімейство оселилося у Віттенберзі, де провело кілька років. У 1633 році переїхали до Ольденбургу, який залишався безпечним, бо тримав нейтралітет. Оселилися в місцевому замку.[4]
7 листопада 1642 року Магдалена із сином, який досяг повноліття, повернулися до Цербсту. Біля Росслау їх вітали міністри та населення. Княгиню супроводжували дві покоївки та посланець з Ольденбургу. Ввечері у Цербстському замку відбувся пир.[4] Оскільки будівля також постраждала в ході війни, були підготовлені приміщення, необхідні для утримання двору. Магдалена того ж року переїхала до своєї удовиної резиденції — замку Косвіг.[5]
У 1646 році було постановлено, що після смерті бездітного брата Магдалени, який був уже велими старий, сіньйорії Єфер і Кніпгаузен відійдуть до неї або до її сина.[4]
Померла княгиня 14 квітня 1657 року в замку Косвіг. Була похована у князівській крипті церкви Святого Варфоломія у Цербсті.[6] У 1899 році її, як і чоловіка, перепоховали у замковій кірсі Цербсту.[7]
Сінойорія Єферу перейшла у володіння Йоганна, але він помер за два тижні після Антона Ґюнтера. Його старший син Карл Вільгельм тривалий час сперечався за володарювання нею із данською короною.
