На початку сезону 2009/10 Лисенко повернувся до «Динамо», однак провівши лише одну гру за дублювальний склад команди, після непростих переговорів поїхав до харківського «Металіста», який викупив його контракт[1].
У харківському клубі Лисенко став час-від-часу виходити на поле, зігравши в першому сезоні 14 матчів у Прем'єр-лізі, проте з літа 2010 року втратив місце в основному складі і став виступати в молодіжному чемпіонаті.
Після закінчення строку дії оренди, Лисенко повернувся до «Металіста» і провів із командою літні збори, однак знову команді не підійшов і 14 липня2011 року знову був відданий в оренду у «Кривбас» із Кривого Рогу[4], у якому провів цілий сезон, зігравши у 18 матчах чемпіонату.
Улітку 2012 року Володимир повернувся до Харкова, де за півроку зіграв ще у трьох матчах чемпіонату, після чого 19 січня2013 року на правах оренди до кінця сезону перейшов в ужгородську«Говерлу». У складі «закарпатців» дебютував 3 березня й відразу відзначився голом у воротах «Зорі» і став основним форвардом команди. Протягом року провів в ужгородській команді 25 матчів і забив три голи.
На початку 2014 року на правах вільного агента підписав контракт на 2,5 роки із «Севастополем»[5]. Однак у червні 2014 року клуб припинив своє існування й Лисенко знову став вільним агентом.
На сезон 2014/15 Прем'єр-ліги був заявлений за клуб-дебютант «Олімпік» (Донецьк)[6]. Узимку 2016/17 залишив «Олімпік» після завершення терміну контракту[7].
10 лютого 2017 року було офіційно оголошено про підписання контракту з чернігівською«Десною»[8].
У вересні 2017-го перейшов до лав ковалівського «Колоса», з яким у сезоні 2018/19 здобув право виступати в УПЛ. Вийшовши на поле у матчі першого туру сезону 2019/20 проти «Маріуполя» (2:1), встановив рекорд — Лисенко зіграв за 9 клубів у вищій українській лізі[9]. За шість сезонів у футболці «Колоса» зіграв за клуб 131 гру і забив 26 голів.
Виступи за збірні
До збірних команд України почав викликатись у 15-річному віці. Дебютував у формі збірної у грі юнацької команди U-15 проти молдовських однолітків 12 травня 2003 року (перемога 1:0). З того часу регулярно виступав у юнацьких та молодіжних збірних України різних вікових категорій.
У складі молодіжної збірної України U-21 провів дебютну гру 21 серпня2007 року проти однолітків з Ізраїлю (нічия 1:1). Усього за «молодіжку» провів 24 матчі, у яких забив 4 м'ячі.