Вихованець донецького футболу. Перший тренер — Володимир Миколайович Ігнатенко.
Футбольну кар'єру розпочав на аматорському рівні, у клубі КФК «Гарант» з міста Донецьк. Наприкінці сезону 1993/94 дебютував у фармклубі донецького «Шахтаря» «Металург» з Костянтинівки.
З 1996 року розпочалися мандри Євгена по закордонних клубах. Так, першу половину 1996 року він провів у дублі московського ЦСКА, звідки влітку поїхав до Нідерландів, де виступав за місцеві клуби до літа 2009 року.
30 липня 2009, будучи вільним агентом, 31-річний Левченко підписав контракт на півтора року з підмосковним «Сатурном», який виступав на той час у російській прем'єр-лізі.
Через два дні, 2 серпня, дебютував за «Сатурн», вийшовши на заміну в домашньому матчі проти «Зеніта» (2-2). Відзначився в цьому матчі гольовим пасом на 85-й хвилині.
8 липня 2010 року Левченко уклав контракт з клубом «Віллем II», де провів останній сезон в голландському чемпіонаті. За весь час кар'єри в нідерландських клубах провів 312 матчів, у яких забив 49 голів, у тому числі в єврокубкових турнірах під егідою УЄФА зіграв 10 матчів, забив 1 м'яч.
У липні 2011 року Левченко підписав контракт з австралійським футбольним клубом «Аделаїда Юнайтед». За цей клуб 1 березня 2012 зіграв свій останній матч.
У списку 33-х найкращих футболістів України (2): 2006 (2); 2008 (3).
Найкращий бомбардир ФК «Гронінген»: 2006/2007 рр.
Робота на телебаченні
Під час проведення фінальної частини Євро-2012 залучався експертом на портал інформаційного агентства «Спорт України» для коментарів щодо проведених матчів за участю збірних учасниць турніру.
Євген Левченко бере активну участь у благодійній діяльності. За його безпосередньою участю побудовано три дитячі будинки сімейного типу в українських містах — Берегове, Красноармійськ і Костянтинівка. Профінансована й видана книга «Голеадори», виручені гроші від якої підуть на розвиток дитячого фонду в Харкові.
У травні 2018 року підписав лист із вимогою звільнити ув'язненого в Росії українського режисера Олега Сенцова.[2]