У 1942 році, отримавши призначення на посаду командира курсантського батальйону, Василь Кротюк прибув на фронт і вів оборонні бої проти нацистів під Воронежем. Це була особливо важлива ділянка фронту, де ворог мав намір прорватися на Кавказ і до Сталінграду. Батальйон гвардії майора Кротюка відбив неодноразові атаки військ ворога і утримав займаний рубіж.
Після звитяжного закінчення боїв на Волзі Кротюк призначається командиром 705-го стрілецького полку 121-ї стрілецької дивізії. Полк знаходився на найдальшому виступі Курської дуги, де воїни його полку, після двотижневого бою, перейшли в наступ і переслідували ворога, поки в кінці вересня1943 року не вийшли до Дніпра на північ від Києва. 23 вересня полк Кротюка форсував річку і стрімким ударом вибив противника з села КозаровичіВишгородського районуКиївської області. Протягом 20 днів воїни полку утримували захоплений ними плацдарм до підходу основних сил дивізії, відбиваючи багатократні контратаки противника.
705-й полк, очолюваний В. К. Кротюком, пройшов з боями але землям Правобережної України. В бою біля столиціЧехословаччиниПраги, заступник командира дивізії Кротюк отримав важке поранення і тривалий час знаходився на лікуванні.