На початку 1998 року перейшов до основного складу вінницької «Ниви», а наприкінці того ж року вирішив продовжити футбольну кар'єру в Ізраїлі.
Переїхавши до Ізраїлю, розпочав виступи за «Хапоель» з Петах-Тікви, згодом проходив оглядини в інших місцевих клубах, однак більшу частину часу, проведеного у країні, виступав за середняк «Маккабі» з міста Рішон-ле-Ціон.
Надіям на те, що виступи в Ізраїлі стануть містком до продовження кар'єри в одному з провідних європейських чемпіонатів, не довелося збутися і 2003 року Комарницький повертається до України. Спочатку укладає контракт з дніпропетровським «Дніпром», однак, відігравши у складі команди лише декілька ігор на старті сезону 2003/04, припиняє потрапляти до основного складу і під час зимового міжсезоння переїжджає до Харкова.
У Харкові розпочинає виступи у першій лізі за «Металіст», разом з командою по результатах сезону 2003/04 повертається до вищої ліги.
Однак 2005 рік гравець знову розпочинає у першій лізі, цього разу у складі харківського «Арсенала». І знов таки за півроку йому вдається повернутися до «еліти» — по результатах сезону 2004/05 «Арсенал» виборює право виступати у вищій лізі чемпіонату. Команда була перетворена на ФК «Харків», за який став виступати і Комарницький. Протягом наступних 4 сезонів «городяни» виступали у вищій лізі, а Комарницький став ключовим гравцем основного складу і був обираний капітаном команди.
За результатами сезону 2008/09 ФК «Харків» втрачає «прописку» у вищому дивізіоні і команду залишає велика група досвідчених гравців. Комарницький з липня 2009 року продовжує виступи у вищій лізі у складі криворізького «Кривбаса», зайнявши у команді проблемну позицію правого захисника.
На початку 2010 року виставлений своїм новим клубом на трансфер[3], після чого уклав контракт з першоліговим «Закарпаттям». В ужгородському клубі Комарницький швидко став основним гравцем і у сезоні 2011/12 допоміг команді виграти першу лігу і повернутись до Прем'єр-ліги. Проте на початку липня 2012 року в команді відбулися серйозні кадрові зміни і Комарницький покинув закарпатський клуб.
У вересні 2012 року на правах вільного агента підписав контракт з першоліговим «Геліосом»[4], який став для Комарницького четвертим харківським клубом в кар'єрі. Наприкінці червня 2017 року вирішив завершити кар'єру професіонального футболіста[5]
Входив до складу юнацької збірної України 1981 року народження, яка зайняла друге місце на Чемпіонаті Європи серед юнаків віком до 18 років, що проходив 2000 року у Німеччині, програвши по ходу турніру лише одну гру — фінальний матч французьким одноліткам.
Досягнення
Срібний призер Чемпіонату Європи серед юнаків віком до 18 років: 2000
