Традиційно, всередині родини колібрієвих виділяли дві підродини: Колібрині (Trochilinae) і Ермітні (Phaethornithinae). Ермітні формували чітку монофілітичну групу всередині родини, однак до підродини колібриних відносили приблизно 90 % всіх представників родини. Науковці намагалися розділити колібриних на кілька груп за морфологічними і поведінковими характеристиками. З розвитком молекулярної генетики науковці почали проводини молекулярно-філогенетичні дослідження, які довели поліфілітичність колібриних. Більше половини видів, яких раніше відносили до цієї підродини, були переведені до інших підродин.
Низка молекулярно-філогенетичних досліджень родини колібрієвих, результати яких були опубліковані у 2007, 2009 і 2014 роках, показали, що родина складається з дев'яти великих клад, що відображено у наведеній нижче кладограмі[4][5][6]: