Народився 7 березня1993 року в місті Кампінас. Вихованець футбольної школи клубу «Ботафогу». 23 квітня 2011 року він дебютував в основному складі клубу, відігравши повний матч проти «Боавісти» в Лігі Каріока (2:5)[1]. У бразильській Серії A Жуніор дебютував 6 вересня 2012 року, замінивши Марсіо Асеведо на 86-й хвилині матчу проти «Крузейро» (3:1). У 2012 році він разом з командою став срібним призером Ліги Каріока, а через рік — чемпіоном цієї ліги.
У січні 2014 року Жилберту був відданий в річну оренду клубу «Інтернасьйонал» з Порту-Алегрі. Його дебют за нову команду відбувся 3 лютого 2014 року в матчі Ліги Гаушу проти «Крузейро» з Порту-Алегрі. Провівши 9 ігор і забивши 1 гол, Жилберту допоміг «Інтернасьоналу» виграти Лігу Гаушу в 2014 році. Також він зіграв 14 матчів у Серії A. На початку 2015 року Жилберту повернувся до «Ботафого», який у сезоні 2015 року грав у Серії B. Він знову допоміг команді стати срібним призером Ліги Каріока.
22 липня 2015 року Жилберту перейшов в італійську «Фіорентину»[2], яка заплатила за нього 2 млн євро[3], підписавши з клубом контракт строком на п'ять років[4]. 23 серпня 2015 року Жилберту дебютував у італійській Серії A, вийшовши у стартовому складі на матч проти «Мілана» (2:0)[5]. Так і не ставши основним гравцем, 1 лютого 2016 року бразилець був відданий в оренду італійському клубу «Верона» до кінця сезону[6]. У новій команді Жилберту дебютував 3 лютого в матчі проти «Аталанти», замінивши на 68-й хвилині Мікеланджело Альбертацці. Втім і тут бразилець заграти не зумів, через що у другій половині 2016 року грав у Серії Б за «Латину»[7].
31 січня 2017 року захисник повернувся на батьківщину, ставши гравцем клубу «Васко да Гама», який орендував гравця до кінця року[8]. По завершенні оренди, 29 грудня 2017 року Жилберту залишився у Бразилії, ставши гравцем іншого місцевого клубу «Флуміненсе», теж на правах оренди[9]. 26 грудня 2019 року бразилець підписав з клубом повноцінний контракт[10] і наступного року виграв з командою Трофей Ріо. Жилберту забив гол у фіналі цього турніру у ворота «Фламенго» (1:1, 3:2 пен), чим зацікавив тренера суперників Жорже Жезуша, який наступного місяця перейшов на роботу в португальську «Бенфіку», запросивши з собою і гравця. З лісабонцями Жилберту підписав 5-річний контракт[11]. Станом на 24 січня 2021 року відіграв за лісабонський клуб 11 матчів в національному чемпіонаті.
