У дорослому футболі дебютував 1993 року виступами за «Сан-Паулу», в якому провів два сезони, після чого перейшов у чилійське «Коло-Коло». У команді із Сантьяго Емерсон Перейра провів свої найкращі роки, здобувши три чемпіонства і один національний кубок, а на міжнародній арені двічі доходив із клубом до півфіналу Суперкубка Лібертадорес (1996 та 1997) та один раз — Кубка Лібертадорес у 1997 році.
