З 1940 року на лекторській роботі в Червоній армії. У липні 1941 року, в ході німецько-радянської війни, під час боїв під Мінськом потрапив в полон. Перебував у мінському таборі для військовополонених, з якого вдалося втекти. Повернувся до Вил-Ярузьких, де очолив підпільну більшовицьку групу. Після відвоювання села радянськими військами у 1944 році п'ять місяців очолював районну контору зв'язку[1].
З липня 1944 року знову в Одеському державному університеті. Працював на посадах доцента, виконувача обов'язків завідувача кафедри історії України, декана історичного факультету. З листопада 1944 року в Львівському державному університеті — доцент, виконувач обов'язків завідувача кафедри історії України, декан історичного факультету. Одночасно у 1945–1946 роках — старший науковий співробітник Львівського відділу Інституту історії України АН УРСР. У 1946 році нагороджений медаллю «3а доблесну працю у Великій Вітчизняній війні»[1].
1951 року захистив кандидатську дисертацію на тему «Розвиток капіталізму в землеробстві і буржуазний розклад селянства на Україні в другій половині ХІХ століття». Працював над темою «Ленінська „Искра“ і боротьба за соціал-демократичну партію на Україні»
У 1952–1953 роках завідував відділом історії України Інституту суспільних наук АН УРСР у Львові. Керував колективом авторів, що готували монографію «Торжество ленінсько-сталінської політики на Україні», готував збірку статей, присвячених 300-річчю возз'єднання України з Росією (обидві книжки не були надруковані)[1]. Відзначився як ініціатор та активний учасник ідеологічних кампаній проти львівської школи М. С. Грушевського.
Мешкав у Львові з чотирма дітьми в будинку на вулиці Матейка, 2, помешкання 6. Раптово помер від алкоголізму за своїм робочим столом у Львові 12 червня1953 року[1].
Похований на полі № 4 Личаківського цвинтаря.
Праці
До питання про утворення української народності/ В. Т. Горбатюк// Доповіді та повідомлення Львівського університету. - 1949. - № 2.
М. С. Грушевський та його так звана школа./ В. Т. Горбатюк// Наукові записки Львівського університету. - 1946. - Т.1, № 1. - С. 3 - 39. [2]