До 15 років грав у школах свого міста, поки на одному турнірі його не помітили представники «Баварії», куди він незабаром і перейшов. 1981 року Ганс був вперше заявлений за дорослу команду «Баварії»[1]. Дебютував у Бундеслізі 12 вересня1981 року у виїзному матчі 6 туру проти брауншвейгського«Айнтрахта», що закінчився несподіваною поразкою мюнхенців з рахунком 1:3. На 56-й хвилині він замінив легенду німецького футболу Пауля Брайтнера[2].
Зігравши лише 14 матчів у сезоні 1991/92 Ганс вирішив, що йому слід піти і закінчив кар'єру. Але 1995 року, коли у «Баварії» через травми вибули відразу кілька захисників, тодішній тренер Джованні Трапаттоні попросив Пфлюглера, який досі тренувався з другою командою, допомогти команді і вийти на один матч. 8 квітня1995 року відбулося повернення Пфлюглера у головну команду «Баварії» у матчі проти «Кайзерслаутерна», що закінчився внічию 1:1. Гансі пров на полі весь матч і встиг заробити жовту картку[3]. Цей матч став останнім для гравця на найвищому рівні. Всього за «Баварію» він провів 277 матчів (36 голів) у Бундеслізі, 34 матчі (3 голи) у Кубку Німеччини, 57 матчів (7 голів) у єврокубках і 4 гри у Суперкубку Німеччини[4].
Після цього грав в аматорських лігах за клуб «Айнтрахт» (Фрайзінг) з рідного міста, але в сезоні 2001/02 здивував всіх ще раз, заявившись у віці 42 років і зігравши майже у всіх матчах другої команди «Баварії»[5], за яку в той час виступали такі майбутні зірки німецького футболу як Філіп Лам, Бастіан Швайнштайгер і Пйотр Троховскі. Після цього Пфлюглер повернувся в «Айнтрахт» (Фрайзінг), де і завершив виступи через кілька років.
У складі збірної був учасником домашнього чемпіонату Європи 1988 року та чемпіонату світу 1990 року в Італії, здобувши того року титул чемпіона світу. В обох турнірах зіграв по одному матчу, причому матч 19 червня 1990 року на «мундіалі» в Мілані проти Колумбії (1:1) став його останнім за збірну.
Протягом кар'єри у національній команді, яка тривала 4 роки, провів у формі головної команди країни 11 матчів.
