Гідрофіти — рослини, що занурені у воду лише нижньою частиною,
Гідатофіти — рослини повністю або більшою своєю частиною занурені у воду.
Проживання у водному середовищі зумовило особливі риси організації водних рослин: значне збільшення поверхні тіла у порівнянні з його масою, що полегшує поглинання необхідних кількостей кисню та інших газів, яких у воді міститься менше, ніж у повітрі. Збільшення поверхні тіла досягається розвитком великих тонких листів (деякі рдести), розчленуванням листової пластинки на тонкі ниткоподібні ділянки (водопериця, кушир, водні жовтці); продирявлюванням листя або спеціальною повітроносною тканиною — аеренхімою із сильним розвитком повітроносних порожнин і великих міжклітинників .
У водяних рослин сильно розвинена різнолистність (Гетерофілія): підводні, плаваючі та повітряні листя на одній і тій самій рослині значно різняться як щодо внутрішньої, так і за зовнішньою будовою. Так, підводне листя не мають продихів; в плаваючих на поверхні води листях продихи знаходяться тільки на верхній стороні, на повітряних листях продихи — на обох сторонах. Велика щільність водного середовища обумовлює слабкий розвиток механічних елементів в листках і стеблах водних рослин. Нечисленні механічні елементи, наявні в стеблах, розташовані ближче до центру, що надає їм більшу гнучкість. Позаяк інтенсивність світла у воді різко знижується, у багатьох водних рослин в клітинахепідермісу є хлоропласти. У водяних рослин слабко розвинені або навіть відсутні судини в провідних пучках. Слабо розвинена і коренева система, а кореневі волоски відсутні.
Майже всі водяні рослини — багаторічники, що розмножуються вегетативно. Деякі водяні рослини (наяда, кушир) запилюються під водою; у інших квітки піднімаються над водою, де і відбувається запилення. Деякі водяні рослини пристосувалися до періодичного висихання водойм (наприклад, частуха, стрілиця, настурція).
У флорі колишнього СРСР налічується понад 260 видів квіткових водяних рослин, переважно однодольних. Насіння та плоди поширюються птахами або водними течіями.
Насіння та плоди багатьох водяних рослин служать кормом для деяких птахів; а відмерлими залишками водяних рослин часто харчуються безхребетнітварини, які є їжею рибам.
Водяні рослини відіграють роль у самоочищенні басейнів, хоча іноді (наприклад, Елодея, деякі види рдестів) і самі можуть бути шкідливими при сильному розростанні їх у водоймах і особливо у водосховищах. Для попередження швидкого і небажаного розповсюдження заростей, водяні рослини викошують спеціальними водними косарками; скошені водні рослини іноді вживають на корм худобі. Багато водних рослин розводять в акваріумах. До водяних рослин відносяться також багато водоростей (наприклад, зелені і синьозелені), які, сильно розростаючись, можуть викликати замор риби і заростання каналів і ставків-охолоджувачів теплових електростанцій. Іноді для очищення каналів та інших водойм розводять рослиноїдні види риб (білий амур і білий товстолобик). Для знищення водяних рослин використовують також гербіциди. Для водяних рослин, що є кормом для риб, розроблена спеціальна агротехніка.
Плейстофіти
Плейстофіти (Pleustophytes) — це рослини, які не закріплені коренями і вільно плавають у товщі води або на її поверхні. Представники: ряска, роголисник занурений, пухирник, сальвінія.