Двічі — у 2003–2004 і 2005–2006 — був віцепрем'єром уряду. Після відставки Станіслава Гросса Соботка тимчасово виконував обов'язки керівника партії до партійних виборів (на них переміг Пароубек). Після невдалого виступу ЧСДП на парламентських виборах 2010 і відставки Пароубека з поста голови партії Соботка знову став виконувачем обов'язків керівника партії. У березні 2011 року обраний головою партії, очолював її до 2017 року. Також Соботка очолює[коли?] фракцію ЧСДП в Палаті депутатів.