Хоча раніше вважалося орторомбічним,[7] пізніше було показано, що аргентопірит є моноклінним і має структурну спорідненість з кубанітом. Найважливішою особливістю структури аргентопіриту є:[8]
гексагональне щільне упакування атомів сірки
наявність тетраедрів AgS4 і FeS4 на листах, що демонструють спільні кути
наявність кластера з чотирьох тетраедрів FeS4, які мають спільні ребра
наявність двох ділянок заліза, а не однієї, як у споріднених видів
↑Murdoch, J., and Berry, L.G., 1954. X-ray measurements on argentopyrite. American Mineralogist 39, 475—485
↑Yang, H., Pinch, W.W., and Downs, R.T., Crystal structure of argentopyrite, AgFe2S3, and its relationship with cubanite. American Mineralogist 94, 1727—1730