Аптаме́р (англ. aptamer) — у комбінаторній хімії — олігонуклеотид, який може специфічно зв'язуватись з протеїном або іншою ціллю, часто відібраний шляхом повторення циклів збагачень. Приєднаний аптамер дезактивує протеїн, приводячи таким чином до активації чи дезактивації гена. У біохімії використовується при встановленні функцій окремих ділянок протеїнів.

Аптамери можуть бути використані в наступних дослідницьких, діагностичних і терапевтичних завданнях^[1]:

1. Для детекції різних молекул — мішеней, як в наукових, так і в діагностичних завданнях. Вони можуть замінити антитіла в Вестерн-блот, у флуоресцентній гібридизації in situ і в методі ELISA.
2. Перспективним для діагностики форматом є створення чіпів з безліччю Аптамерів і можливістю одночасної детекції багатьох білків.
3. Для афінного очищення молекул-мішеней.
4. Для ефективного і специфічного інгібування білків-мішеней. Таке інгібування може бути використано як в дослідницьких цілях, так і для створення нових ліків. Деякі такі ліки вже знаходяться на стадії клінічних випробувань.
5. Перспективним напрямком використання Аптамерів є спрямований транспорт ліків. Аптамери в цьому випадку визначають адресність доставки (targeting ligands).

• Глосарій термінів з хімії / укладачі: Й. Опейда, О. Швайка ; Ін-т фізико-органічної хімії та вуглехімії ім. Л. М. Литвиненка НАН України, Донецький національний університет. — Донецьк : Вебер, 2008. — 738 с. — ISBN 978-966-335-206-0.
• Buglak, A.A.; Samokhvalov, A.V.; Zherdev, A.V.; Dzantiev, B.B. Methods and Applications of In Silico Aptamer Design and Modeling. Int. J. Mol. Sci. 2020, 21, 8420 https://doi.org/10.3390/ijms21228420