Футбольний клуб «Ансі» був заснований у 1927 році Рене Вейра, Рене Фавр-Гоффер-Мошбергером, Йоганні Боллузом, Жоржем Рулланом, Жоржем Сонжоном і Еженом Перроном. Першим президентом клубу став Луї Моне.
У 1933 році Жан Шатенуд був призначений президентом і залишався на цій посаді до 1970 року.
Клуб брав участь у воєнному чемпіонаті 1942/43 років, посівши 10 місце у Дивізіоні Південь, але з наступного сезону «Ансі», як і інші французькі клуби, був розфоромований через німецьку окупацію, таким чином втративши професіональний статус.
Після війни клуб брав участь у Дивізіоні пошани Ліги Ліона (фр.Division d'Honneur de la Ligue du Lyonnais) і став його чемпіоном у 1947 році.
1948 року був створений Національний дивізіон аматорського чемпіонату Франції, який став складатись з 48 клубів, розділених на чотири географічні групи, і став найвищим аматорським дивізіоном. У той же час «Ансі», який знову виграв Дивізіон пошани у 1948 році, отримало право зіграти у дебютному розіграші новоствореного турніру.
Виступ у аматорському чемпіонаті Франції (1948—1971)
«Ансі» виступало в Національному дивізіоні аматорського чемпіонату Франції, найвищому рівні для аматорського клубу з моменту його заснування. Це єдиний клуб разом із «Мюлузом», який грав там з 1948 року, коли було створено Національний дивізіон АЧФ, аж до 1971 року, коли він був розформований. У цей період Люсьєн Ледюк закінчив кар'єру гравця і почав кар'єру тренера.
З 1955 по 1964 рік «Ансі» виступало дуже добре в цьому чемпіонаті, вісім разів фінішувавши у зоні призерів у своїй південно-східній групі. У 1960 році клуб виграв Південно-Східну групу АЧФ і потрапив до фінального раунду, де зібралися переможці кожної групи. Він пройшов «Руан» у чвертьфіналі (3:2 після додаткового часу), потім «Стад де Реймс» у півфіналі (4:2, після додаткового часу), а потім переміг «Нансі» у фіналі (2-1, після додаткового часу). Таким чином «Ансі» виграло національний чемпіонат серед аматорів зі Станісласом Голінським, граючим тренером, колишнім центральним захисником «Німа Олімпік».
Період занепаду (1971—1984)
1971 року Федерація футболу Франції вирішила поєднати професіональний і аматорський чемпіонат, в результаті чого аматорський чемпіонат припинив існування і «Ансі» стало виступати у новоствореному Дивізіоні 3. Під час свого першого сезону в новій лізі клуб ледь не вийшов до другого дивізіону, але програв матч плей-оф «Мартігу». Команда змагалася в Дивізіоні 3 до сезону 1973/74 років, коли «Ансі» вилетіло назад до Дивізіону пошани Ліги Ліона, де залишалась протягом семи сезонів.
У 1980 році «Ансі» стало віце-чемпіоном Дивізіону пошани і вийшло до Дивізіону 4, заснованого в 1978 році.
Підвищення до дивізіону 2 (1984—1993)
У 1984 році «Ансі» виграло свою групу Дивізіону 4 і підвищилось у класі, а за підсумками сезону 1987/88 у Південно-східній групі Дивізіону 3 клуб посів друге місце, що дозволило йому у 1988 році вперше зіграти у Дивізіоні 2[2] завдяки Іву Маньйоне, який забив переможний гол у ворота «Рафаелуа» в останньому турі чемпіонату[3].
«Ансі» грало у другому дивізіоні з 1988 по 1993 рік, відновивши такими чином свій професіональний статус. Більшість часу головним тренером команди був Гі Стефан[4].
Найкращим результатом клубу стало дев'яте місце в сезоні 1990/91 років. Того ж року «Ансі» дійшло до стадії 1/8 фіналу Кубка Франції, зокрема пройшовши вищолігове «Нансі»[4].
Падіння клубу (1993—2016)
За підсумками сезону 1992/93 клуб вилетів до новоствореного Національного дивізіону, в якому грали як аматорські, так і професіональні команди. Втім надовго свій професіональний статус команда втримати не змогла і 16 жовтня 1993 року, після одинадцяти турів чемпіонату, «Ансі» було виключено з турніру. Того ж дня команда під новою назвою (Annecy FC замість FC Annecy) заявилась у восьмий за рівнем дивізіон[5] і надалі грала у регіональних лігах.
За підсумками сезону 2012/13 клуб вийшов до найвищої регіональної ліги, Почесного дивізіону Рона-Альпи, фінішувавши першим у своїй групі лише з однією поразкою за сезон, маючи найкращу атаку (51 гол) і найкращий захист (9 голів). Крім того після 20 років клуб ухвалив рішення під час загальних зборів 14 листопада 2013 року повернути свою історичну назву FC Annecy.
У 2015 році клуб виграв Почесний дивізіон, обігравши «Монтелімар», і вийшов до Другого дивізіону аматорського чемпіонату Франції, п'ятого за рівнем дивізіону країни таким чином повернувшись на загальнонаціональний рівень через 22 роки після пониження.
Виступи у Національному чемпіонаті (2016—2021)
У першому ж сезоні «Ансі» отримало підвищення до Аматорського чемпіонату Франції після нічиєї проти резервної команди «Бастії». Завдяки ній клуб посів 2-е місце у своїй групі, що дозволило йому отримати підвищення.
З 2016 по 2019 рік клуб був серед лідерів турніру, який з 2017 року отримав назву Національний чемпіонат 2, але не міг підвищитись у класі, щоразу займаючи друге чи третє місце.
По ходу сезону 2019/20 команда посідала перше місце у своїй групі за дев'ять турів до закінчення чемпіонату, але 16 квітня 2020 року через пандемію Covid-19 федерація вирішила призупинити усі свої чемпіонати, завдяки чому команда дотроково вийшла до Національного чемпіонату, третього дивізіону країни[6].
Новий сезон команда почала невдало, через що 8 грудня 2020 року клуб оголосив про звільнення свого тренера Мішеля Пуансіньйона[7] через погані результати «червоно-білих», коли команда посідала останнє місце. Його наступнику Жану Ів Шаї[8] завдяки серії з 10 ігор без поразок вдалося врятувати команду від вильоту. Тим не менш, 18 травня 2021 року тренер покинув команду, і вже наступного дня клуб оголосив про призначення Лорана Гюйо.
Вихід до Ліги 2 (2022—)
Під керівництвом нового тренера за підсумками сезону 2021/22 «Ансі» посіло друге місце в чемпіонаті та вийшло до Ліги 2[9], перемігши в останньому турі «Седан» з рахунком 2:0 завдяки дублю Алексі Босетті[10].
.svg){kind=small}
