Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi (ÇOMÜ) Su Ürünleri Fakültesi 1992’de üniversite ile birlikte 3837 sayılı kanunla kurulmuştur. 1995-1996 Öğretim yılında Eğitim ve Öğretime Ezine Üvecik’te başlamıştır. 1996-1997 Eğitim-Öğretim yılı bahar döneminde Çanakkale’ye 4 km uzaklıktaki Karacaören’e taşınmıştır.
1998-1999 Eğitim-Öğretim yılında ilk mezunlarını veren Fakülte; 2000-2004 yıllarında eğitimini Terzioğlu Kampüsü Fen-Edebiyat Fakültesi binasında sürdürürken, 2004-2005 Eğitim-Öğretim yılı ile birlikte kendi binasına taşınmıştır.
Fakülte’de lise eğitiminden sonra, 4 yıllık Lisans Eğitimi verilmekte ve dersler Türkçe okutulmakta, dört yıllık eğitim sonunda öğrenciler Su Ürünleri Mühendisi olarak mezun olmaktadır. Ayrıca Fakültede Yüksek Lisans ve Doktora eğitimi de verilmektedir.
