Yunnanozoon, neredeyse kesin bir biçimde bir kordalı olan Haikouella'ya benzerdir.[4] Yine de, daha küçük bir mide ve çok daha büyük (1 mm) faringeal dişler dahil olmak üzere Haikouella'dan anatomik farklılıkları vardır. Yunannozoon'un iyi korunmuş Haikouella örneklerinde görülen kalp, solungaç gibi özelliklere sahip olup olmadığı kesin değildir. Yunnanozoon, Kanada'daki Britanya Kolombiyası'nın Burgess Şeyli'nden Orta Kambriyen yaşlı Pikaia gracilens'e biraz benzer. Olası solungaç yarıkları gibi simetrik olarak düzenlenmiş on üç çift gonad tanımlanmıştır. Bununla birlikte, bazı yazarlar Yunnanozoon'un akorlu Haikouella ile yakından ilişkili olduğunu ve Yunnanozoon'un muhtemelen bir yarı sırt ipliden ziyade bir kordalı olduğunu düşünüyor. Yunnanozoon ile Vetulicolia grubu arasında yakın bir ilişki de öne sürülmüştür.
^Shu, D., Zhang, X. and Chen, L. 1996. Reinterpretation of Yunnanozoon as the earliest known hemichordate, Nature. 380:428–430 (4 April 1996). – Retrieved 3 December 2005
^J. J. Sepkoski. 2002. A compendium of fossil marine animal genera. Bulletins of American Paleontology 363:1–560
