Fakülte 1987 yılında “Denizli Tıp Fakültesi” adı altında Dokuz Eylül Üniversitesi'ne bağlı olarak kurulmuştur. Pamukkale Üniversitesi Tıp Fakültesi 1994 yılında hastanesini Denizli'de Güneş binasında hizmete açmıştır. 1996-1997 eğitim öğretim yılından itibaren 4., 5. ve 6. sınıflar Pamukkale Üniversitesi Tıp Fakültesinde eğitim görmeye başlamışlardır. 1999-2000 eğitim öğretim yılından itibaren ise fakültede probleme dayalı öğrenci merkezli “aktif eğitim” yöntemi ile eğitim verilmektedir. Fakültede 1., 2. ve 3. sınıflarda probleme dayalı, 4. ve 5. sınıflarda ise taska dayalı aktif eğitim verilmektedir. Dönem 6 öğrencileri hekimliğe hazırlarken intörnlük eğitimi verilmektedir.
