1984 senesinde Malatya İl Özel İdarespor ismiyle kurulan kulüp, 2009-10 sezonunda Malatya 1. Amatör Liginde ikinci olarak Bölgesel Amatör Lig'e yükseldi.
2010-11 Sezonunda Bölgesel Amatör Lig 5. Grubu 11. sırada tamamlayarak tekrar Malatya 1. Amatör Lige düştü.
2011-12 sezonunda Malatya 1. Amatör Liginde normal sezonu ikinci sırada Play-Off grubunu ise Şampiyon tamamlayarak tekrar Bölgesel Amatör Lige yükseldi.
2012-13 sezonunda Bölgesel Amatör Lig 4. Grubu 10. sırada tamamlamıştır. Bölgesel Amatör Ligde kalmak için oynadığı play-Out maçında Tecdespor'u 1-0 yenerek küme düşmekten kurtuldu.
2013-14 sezonunda Bölgesel Amatör Lig 4. Grubu 10. sırada tamamlamıştır. Bölgesel Amatör Ligde kalmak için oynadığı play-out maçında Malatya Demirspor'u 3-1 yenerek küme düşmekten kurtuldu.
2014 yılında Malatya İl Özel İdarespor isim değişikliğine giderek Malatya Yeşilyurt Belediyespor adını almıştır.[1]
2014-15 sezonunda Bölgesel Amatör Lig 3. Grubu 8. sırada tamamlamıştır. Bölgesel Amatör Ligde kalmak için oynadığı play-Out maçında Malatya Demirspor'u 3-1 yenerek küme düşmekten kurtuldu. 2015-16 sezonunda Bölgesel Amatör Lig 2. Grubu 4. sırada tamamladı. 2016-17 sezonunda Şampiyonluk mücadelesi verdiği Bölgesel Amatör Lig 2. Grubu Karaköprü Belediyespor'un 1 puan gerisinde 2. sırada tamamlayıp 3. Lig'in kapısından döndü. 2017-18 Sezonunda Bölgesel Amatör Lig 2. Grubu 8. sırada tamamladı.
2018-2019 Sezonunda Bölgesel Amatör Lig 2. Grubu Şampiyon tamamlayarak Play-Off müsabakasında Ağrı 1970 Spor'u 1-0 mağlup ederek kulüp tarihinde ilk kez 3. Lig'e yükselmiştir.[2]
2020-21 sezonunda 3. Lig 1. Grubu; 17 Galibiyet, 5 Beraberlik, 8 Mğlubiyetle 3. sırada tamamlayarak 2. Lige yükselmek için Play-Off oynamaya hak kazandı. Malatya Yeşilyurt Belediyespor, teknik direktör Nihat Balan yönetiminde çeyrek finalde Ofspor'u eleyip, yarı finalde karşılaştıkları Bucaspor 1928'e elendi.[3]