Bu gelişmelerin ardından Osmanlı Padişahı III. Selim 24 Temmuz 1798 tarihinde Rusya'dan bir filo talep etti.[2] Bu talep doğrultusunda 5 Eylül 1798'de Amiral Uşakov komutasındaki Rus filosu Büyükdere'de demirledi. Osmanlı ve Rus diplomatlarının İstanbul'da ittifak amaçlı müzakerelerini sürdürdükleri dönemde (Osmanlı-Rus İttifak Antlaşması 3 Ocak 1799'da imzalandı), Akdeniz'e yönelik sefer için hazırlanan Osmanlı filosu Rus filosuyla birleşti ve Mora'nın güneyindeki Çuha'dan başlayarak Fransa'nın Venedik'ten devraldığı tüm toprakları tek tek ele geçirmeye başladı. Bu çerçevede, Zante, Kefalonya ve Ayamavra'yı ele geçiren Osmanlı-Rus donanması 19 Kasım 1798'de Korfu önlerine demirledi.
Kuşatma
1799 Ocak ayının ortasına gelindiğinde Korfu açıklarında 12 kalyon, 11 fırkateyn ve muhtelif küçük gemiden oluşan ortak donanma ablukayı sürdürmekle birlikte kaleye hücum için yeterli askere sahip olmadığından Osmanlı başkentiYanya BeylerbeyiTepedelenli Ali Paşa'ya ortak donanmaya asker katkısı vermesini emretti. Bu çerçevede, 1799 Ocak sonu-Şubat başında Ali Paşa'nın gönderdiği 4.250 asker Korfu'ya çıktı ve Osmanlı-Rus donanması kaleyi kuşatma hazırlıklarına başladı.