Saint-Joseph Fransız Lisesi'nde eğitim gördüğü yıllarda, dönemin yöneticisi Elkatipzade Mustafa Bey tarafından keşfedilmiş ve Fenerbahçe'nin genç takımına alınmış, burada 2 yıl yetiştikten sonra da 17 yaşındayken birinci takıma yükselmiştir. Karnik Arslanyan, Fenerbahçe'nin ilk lig şampiyonluğunu kazandığı 1911-12 sezonu kadrosunda görev almasının yanı sıra; takımın 2 sezon üst üste lig şampiyonluğunu kazandığı sezonlarda da (1913-14, 1914-15) kaleciliğini yapmıştır.[2]
Arslanyan'ın futbol camiası içerisinde ününü duyurması; Türk futbolunda ilk kez yaptığı plonjon hareketi sayesinde gerçekleşmiştir. O zamana kadar kaleciler topa atlamayı bilmez, kaleyi savunmak için kale içinde koşarlardı. Karnik Aslanyan ise topa uçarak müdahale eden ilk kaleciydi. Oyun tarzı, dönemin birçok sporcusu ve yöneticisi tarafından da takdir edilen Arslanyan, Türk futbolunda "ilk plonjon yapan” kaleci unvanına da böylelikle sahip olmuştur.
“Fenerbahçe pek mükemmel idman etmiş, evvelki kalecisi yerine mahir bir muhafız ikâme etmişti. Bu kalecinin bütün oyun esnasında büyük yararlılığı görüldü ve çok alkışlandı”
8 Haziran 1914’de, Fenerbahçe'nin Rusya'da yaptığı turnuvada Karnik Arslanyan, oynadığı oyunla Rus takımlarının büyük ilgisiyle karşılaşmış, ancak dönemin Fenerbahçe Başkanı Dr. Hamid Hüsnü Kayacan, yapılan tüm transfer tekliflerini reddetmiştir.[3] 29 Kasım 1918 akşamı Kadıköy, Moda'daki evinde bir yangın çıkmış, takım arkadaşları dahil söndürme çabası içinde bulunmuş ancak ev kül olmuştur. Bunun ardından Kadıköy'den taşınan Arslanyan, Osmanlı Ermenileri'nin yoğun olarak ikamet ettiği Kumkapı semtine yerleşti ve dolayısıyla da Fenerbahçe'den ayrılmış oldu. Arslanyan'ın evindeki yangın; Fenerbahçe'nin İngiliz işgal kuvvetleri ile oynayacağı maçın hemen öncesinde gerçekleşmişti. Futbolcuların bir kısmının, takım arkadaşları Arslanyan'ın yardımına koşması 30 Kasım 1918 tarihli İkdam Gazetesi Gazetesi tarafından şu ifadelerle okuyucuya aktarılmıştı:
“İngiliz ikinci alayı üyeleriyle Fenerbahçe Kulübü arasında dün saat ikide Kadıköy İttihat Kulübü’nde bir müsabaka yap r. (...) Oyun esnasında Fener’in bazı azası Kadıköyü’ndeki yangın sebebiyle oyunda hazır bulunmamışlar ve bu sebepten gelecek Pazartesine bir maç daha yapılmasına karar verilmiştir."[4]
Arslanyan, Kumkapı semtinde ise tamamen Osmanlı Ermenileri'nden oluşan "Dork" isminde bir futbol takımı kurmuş ve bu takımın başkanlığını yapmıştır. Futbolu bıraktıktan sonra bir süre hakemlik icra etmiş ve kimi kaynaklara[5] göre ise; 1918 yılında Osmanlı topraklarından, takım arkadaşlarının yardımıyla önce Romanya'ya daha sonra da Amerika Birleşik Devletleri'ne göç etmiş ve 1945 yılında 60 yaşındayken ölmüştür. Karnik Arslanyan, 1912-1918 yılları arasında Fenerbahçe forması giymiştir.[6]