Estonyaılıman iklim kuşağının kuzey kesiminde ve deniz ile karasal iklim arasındaki bir geçiş bölgesinde yer almaktadır. Çünkü Estonya (ve Kuzey Avrupa'nın tümü) sürekli Kuzey Atlantik Okyanusu'nun ısıl içeriği etkisinde denizel hava ile ısıtılır, kuzey enlemde yer almasına karşın ılıman bir iklime sahiptir. Baltık Denizi kıyı ve iç kesimlerinde iklim arasında farklara sahiptir. Estonya neredeyse eşit uzunlukta dört mevsimi yaşar. Ortalama sıcaklıklar Baltık adalarında 16.3 °C (61.3 °F) civarında, denizden uzak yerlerde Temmuz ayında 18.1 °C (64.6 °F), Baltık adalarında -3.5 °C'de (25.7 °F) sıcak aylar değişir ve denizden uzak yerlerde Şubat ayı 7.6 °C (18.3 °F) ile en soğuk ay olarak ölçülür.
Estonya'da yıllık ortalama sıcaklık 5.2 °C (41.4 °F)'dir.[1] Şubat ayı yılın en soğuk ayı olarak, ortalama sıcaklığı -5,7 °C (21.7 °F)'dir.[1] Yılın en sıcak ayı olarak kabul edilen Temmuz ayında ortalama sıcaklık, 16,4 °C (61.5 °F)'dir.[1] İklim aynı zamanda Atlantik Okyanusu'nun Kuzey Atlantik Akımı ve İzlanda'ya özgü asgari şartlardan etkilenir, siklon oluşumu ve ortalama hava basıncı komşu bölgelerde daha düşük tanınan bir alandır. Estonya yağış miktarı, toplam buharlaşmadan daha büyük olan bir nemli bölgede oluşmaktadır. 1961-1990 yıllarında ortalama yağış yılda 535 ila 727 milimetre (28,6 21,1 olarak) arasında değişmekteydi ve yaz sonunda en yoğun miktarda olur.[2] Yağmurlu günlerde bir yılda 102 ve 127 arasında farklılık vardır,[2] ve ortalama yağış da SakalaHaanja ve Uplands'ın batı yamaçlarında en bol görülür. Genellikle, Estonya güney-doğu kesiminde derin bir kar örtüsü, Aralık ortasından Mart ayı sonuna kadar sürer.
Aylar
Ocak
Şubat
Mart
Nisan
Mayıs
Haziran
Temmuz
Ağustos
Eylül
Ekim
Kasım
Aralık
Yıl
Yüksek kayıt
10,1⁰C
12,4⁰C
18,4⁰C
27,6⁰C
31,2⁰C
33,5⁰C
35,2⁰C
35,6⁰C
30,2⁰C
22,4⁰C
13,3⁰C
11,9⁰C
35,6⁰C
Düşük kayıt
-36,8⁰C
-36,2⁰C
-29,5⁰C
-14,3⁰C
-6,6⁰C
-2,6⁰C
0,5⁰C
0,2⁰C
-8,4⁰C
-17,0⁰C
-25,9⁰C
-34,6⁰C
-36,8⁰C
En yüksek rüzgar bora (m/s)
38
35
33
30
28
28
30
37
29
34
34
34
38
İlkbahar
İlkbahar genellikle kuru ve hafiftir. Nisan ve Mayıs aylarında yine de kar görülebilir. İlk sıcak hava dalgaları ulaştığında ve sıcaklık 20-30 °C'ye ulaştığı zaman Mayıs ilkbaharın en sıcak ayıdır. Gök gürültülü fırtına sezonu nisan ayında başlar.
Yaz
Yazları adalarda soğuk, güney ve doğu Estonya'da sıcak ve hafiftir. Bazı günlerde sıcaklıklar 30-35 °C'ye kadar ulaşabilir, ancak genellikle 20 °C civarındadır. En sıcak ay Temmuzdur, ancak en yüksek hava sıcaklığı 35,6 °C ile Ağustos ayında kaydedilmiştir. Fırtınalar öğleden sonraları sıklıkla görülebilir.
Sonbahar
Sonbahar ıslak ve rüzgarlıdır. Eylül ayının ilk yarısında sıcaklıklar görülebilir. Birçok kasırgaya İskandinavya'da rastlamak mümkündür ve gök gürültülü fırtına Estonya'ya ağır yağmurlar getirecektir. Bazı fırtınalar 35 m/s hızı üzerinde kıyı seli ve rüzgarlarına neden olabilir. İlk kar genellikle Ekim veya Kasım aylarının geç döneminde gelir.
Kış
Estonya'nın doğu kesimleri soğuk ve kıyı alanları da daha sıcaktır. En soğuk aylar Ocak ve Şubat aylarıdır: bazı geceler -35 °C ile en düşük sıcaklıklar görülebilir. En düşük hava sıcaklığı -43,5 °C olarak kaydedilmiştir. Siklonlar Estonya'ya kar fırtınaları getirir. Bazen deniz etkisi daha fazla kar getirerek Estonya'yı etkiler.
Rüzgâr
En güçlü rüzgar, Ruhnu'da 1969 yılında 48 m/sn olarak ölçülmüştür.