Biyolojik veritabanı

Proteinler arasındaki fonksiyonel bağlantıları karakterize eden STRING adlı biyolojik veri tabanının ana sayfası[1]

Biyolojik veritabanları, bilimsel deneylerden, yayınlanmış literatürden, yüksek verimli deney teknolojisinden ve hesaplamalı analizlerden toplanan biyolojik bilimler kütüphaneleridir.[kaynak belirtilmeli] Genomik, proteomik, metabolomik, mikroarray gen ifadesi ve filogenetik gibi araştırma alanlarından bilgiler içerirler.[2] Biyolojik veritabanlarında yer alan bilgiler arasında gen fonksiyonu, yapısı, lokalizasyonu (hem hücresel hem de kromozomal), mutasyonların klinik etkilerinin yanı sıra biyolojik dizilerin ve yapıların benzerlikleri yer almaktadır.

Biyolojik veritabanları topladıkları veri türüne göre sınıflandırılabilir (aşağıya bakınız). Genel olarak, moleküler veritabanları (diziler, moleküller vb. için), fonksiyonel veritabanları (fizyoloji, enzim aktiviteleri, fenotipler, ekoloji vb. için), taksonomik veritabanları (türler ve diğer taksonomik sıralamalar için), görüntüler ve diğer medya veya numuneler (müze koleksiyonları vb. için) vardır.

Veritabanları, bilim insanlarının biyomoleküllerin yapısı ve etkileşimlerinden organizmaların tüm metabolizmasına ve türlerin evrimini anlamaya kadar bir dizi biyolojik olguyu analiz etmelerine ve açıklamalarına yardımcı olan önemli araçlardır. Bu bilgi hastalıklarla mücadeleyi kolaylaştırır, ilaçların geliştirilmesine, belirli genetik hastalıkların tahmin edilmesine ve yaşam tarihinde türler arasındaki temel ilişkilerin keşfedilmesine yardımcı olur.

Teknik temel ve teorik kavramlar

Bilgisayar bilimlerinin ilişkisel veritabanı kavramları ve dijital kütüphanelerin bilgi erişim kavramları biyolojik veritabanlarını anlamak için önemlidir. Biyolojik veritabanı tasarımı, geliştirilmesi ve uzun vadeli yönetimi, biyoinformatik disiplininin temel bir alanıdır.[3] Veri içerikleri arasında gen dizileri, metinsel açıklamalar, öznitelikler ve ontoloji sınıflandırmaları, alıntılar ve tablo verileri yer alır. Bunlar genellikle yarı yapılandırılmış veriler olarak tanımlanır ve tablolar, anahtarla sınırlandırılmış kayıtlar ve XML yapıları olarak temsil edilebilir.[kaynak belirtilmeli]

Erişim

Çoğu biyolojik veritabanı, kullanıcıların verilere çevrimiçi olarak göz atabileceği şekilde verileri düzenleyen web siteleri aracılığıyla kullanılabilir. Buna ek olarak, temel veriler genellikle çeşitli formatlarda indirilebilir. Biyolojik veriler birçok formatta gelir. Bu formatlar metin, dizi verileri, protein yapısı ve bağlantıları içerir. Bunların her biri belirli kaynaklardan bulunabilir, örneğin:[kaynak belirtilmeli]

  • Metin formatları PubMed ve OMIM tarafından sağlanmaktadır.
  • Dizi verileri, DNA açısından GenBank ve protein açısından UniProt tarafından sağlanmaktadır.
  • Protein yapıları PDB, SCOP ve CATH tarafından sağlanmaktadır.

Sorunlar ve zorluklar

Biyolojik bilgi sayısız veritabanı arasında dağıtılmıştır. Bu durum bazen bilgilerin tutarlılığını sağlamayı zorlaştırmaktadır, örneğin aynı tür için farklı isimler veya farklı veri formatları kullanıldığında. Sonuç olarak, birlikte çalışabilirlik bilgi alışverişi için sürekli bir zorluktur. Örneğin, bir DNA dizisi veritabanı DNA dizisini bir türün adıyla birlikte saklıyorsa bu türün adındaki bir değişiklik, farklı bir ad kullanan diğer veritabanlarına olan bağlantıları bozabilir. Bütünleştirici biyoinformatik, birleşik erişim sağlayarak bu sorunun üstesinden gelmeye çalışan bir alandır. Çözümlerden biri, biyolojik veri tabanlarının, ilgili bilgileri birbirine bağlamak için erişim numaralarıyla diğer veri tabanlarına çapraz referans vermesidir (örneğin, bir tür adı değişse bile erişim numarasının aynı kalması). Birçok veritabanının aynı bilgiyi saklaması gerektiğinden fazlalık başka bir sorundur, örneğin protein yapısı veritabanları aynı zamanda kapsadıkları proteinlerin dizisini, dizilimini ve bibliyografik bilgilerini de içerir.

Model organizma veritabanları

Ana madde: Model organizma veritabanı

Bazı türler için, özellikle de araştırmalarda sıklıkla kullanılanlar (model organizmalar) için türe özgü veritabanları mevcuttur. Örneğin, EcoCyc bir E. coli veritabanıdır. Diğer popüler model organizma veritabanları arasında laboratuvar faresi Mus musculus için Mouse Genome Informatics, Rattus için Rat Genome Database, Danio rerio (zebra balığı) için ZFIN, Schizosaccharomyces pombe fisyon mayası için PomBase,[4] Drosophila için FlyBase, Caenorhabditis elegans ve Caenorhabditis briggsae nematodları için WormBase ve Xenopus tropicalis ve Xenopus laevis kurbağaları için Xenbase bulunmaktadır.

Biyoçeşitlilik ve tür veritabanları

Catalogue of Life'tan hayvan grupları ve tür sayıları[5]

Çok sayıda veritabanı dünya üzerindeki yaşam çeşitliliğini belgelemeye çalışmaktadır. Öne çıkan örneklerden biri, ilk olarak 2001 yılında Species 2000 ve Integrated Taxonomic Information System tarafından oluşturulan Catalogue of Life'tır.[6] Catalogue of Life, dünyada şu anda kabul edilen tüm türlerin taksonomik kategorizasyonunu belgelemeyi amaçlayan ortak bir projedir.[7] Catalogue of Life, araştırmacıların ve politika yapıcıların başvurabileceği konsolide ve tutarlı bir veritabanı sağlamaktadır. Catalogue of Life, Conifer Database, ICTV MSL (virüsler için) ve LepIndex (kelebekler ve güveler için) gibi diğer kaynaklardan güncel veri setlerini derlemektedir. Catalogue of Life, Mayıs 2022 itibarıyla toplam 165 veri tabanından yararlanmaktadır.[8] Catalogue of Life'ın operasyonel masrafları Global Biodiversity Information Facility, Illinois Natural History Survey, Naturalis Biodiversity Center ve Smithsonian Institution tarafından karşılanmaktadır.[9]

Bazı biyolojik veritabanları farklı türlerin coğrafi dağılımını da belgelemektedir. Shuang Dai ve arkadaşları, Çin'deki 1371 kuş türünün mekânsal/coğrafi dağılımını belgelemek için yeni bir çok kaynaklı veritabanı oluşturmuştur, çünkü mevcut veritabanları birçok tür için mekânsal dağılım verilerinde ciddi eksikliklere sahiptir.[10] Bu yeni veritabanının kaynakları arasında kitaplar, literatür, GPS takibi ve çevrimiçi web sayfası verileri yer alıyordu. Yeni veritabanında her tür için taksonomi, dağılım, tür bilgisi ve veri kaynakları gösterildi. Kuş mekansal dağılım veritabanının tamamlanmasının ardından, Çin'de bilinen türlerin %61'inin daha önce bilindiklerinin ötesindeki bölgelerde dağılım gösterdiği keşfedildi.[10]

Tıbbi veritabanları

WoundsDB'de ayak yaraları[11]

Tıbbi veritabanları, biyomedikal veri kaynaklarının özel bir durumudur ve PubMed gibi bibliyografyalardan yapay zeka tabanlı teşhis yazılımlarının geliştirilmesine yönelik görüntü veritabanlarına kadar çeşitlilik gösterebilir. Örneğin, böyle bir görüntü veritabanı, yara izleme algoritmalarının geliştirilmesine yardımcı olmak amacıyla geliştirilmiştir.[12] Fotoğraflar, termal görüntüler ve 3D ağ derinlik haritalarından oluşan 79 hasta ziyaretinden 188'den fazla çok modlu görüntü seti derlendi. Yara ana hatları manuel olarak çizildi ve fotoğraf veri setlerine eklendi.[11] Veritabanı, Kronik Yara Veritabanı web sitesinden indirilebilen WoundsDB adlı bir program şeklinde kamuya açık hale getirildi.

Nucleic Acids Research Veritabanı Sayısı

Biyolojik veri tabanlarını bulmak için önemli bir kaynak, Nucleic Acids Research (NAR) dergisinin yıllık özel sayısıdır. NAR'ın Veritabanı Sayısı ücretsiz olarak erişilebilir ve halka açık biyolojik veritabanlarının çoğunu kategorize eder. Çevrimiçi Moleküler Biyoloji Veritabanı Koleksiyonu adı verilen bu sayıya eşlik eden bir veritabanı, 1380 çevrimiçi veritabanını listelemektedir.[13] MetaBase ve Bioinformatics Links Collection gibi başka veritabanı koleksiyonları da mevcuttur.[14][15]

Ayrıca bakınız

Kaynakça

  1. ^ Szklarczyk D; Franceschini A; Kuhn M; ve diğerleri. (January 2011). "The STRING database in 2011: functional interaction networks of proteins, globally integrated and scored". Nucleic Acids Res. 39 (Database issue). ss. D561-8. doi:10.1093/nar/gkq973. PMC 3013807 $2. PMID 21045058. 
  2. ^ Altman RB (March 2004). "Building successful biological databases". Brief. Bioinformatics. 5 (1). ss. 4-5. doi:10.1093/bib/5.1.4. PMID 15153301. 
  3. ^ Bourne P (August 2005). "Will a biological database be different from a biological journal?". PLOS Comput. Biol. 1 (3). ss. 179-81. Bibcode:2005PLSCB...1...34B. doi:10.1371/journal.pcbi.0010034. PMC 1193993 $2. PMID 16158097. 
  4. ^ Lock, A; Rutherford, K; Harris, MA; Hayles, J; Oliver, SG; Bähler, J; Wood, V (13 Ekim 2018). "PomBase 2018: user-driven reimplementation of the fission yeast database provides rapid and intuitive access to diverse, interconnected information". Nucleic Acids Research. 47 (D1). ss. D821-D827. doi:10.1093/nar/gky961. PMC 6324063 $2. PMID 30321395. 
  5. ^ Catalogue of Life (2001). "Homepage". Search. Species 2000. 5 Mayıs 2022 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 5 Mayıs 2022. 
  6. ^ Jones, Andrew C. (2011). "Identifying and Relating Biological Concepts in the Catalogue of Life". Journal of Biomedical Semantics. 2 (1). s. 7. doi:10.1186/2041-1480-2-7. PMC 3245425 $2. PMID 22004596. 
  7. ^ Catalogue of Life (2001). "What is Catalogue of Life?". Our Mission. Species 2000. 5 Mayıs 2022 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 5 Mayıs 2022. 
  8. ^ Catalogue of Life (2001). "Source Datasets". Species 2000. 14 Mayıs 2022 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 5 Mayıs 2022. 
  9. ^ Catalogue of Life (2001). "Funding". Species 2000. 5 Mayıs 2022 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 5 Mayıs 2022. 
  10. ^ a b Dai, Shuang (2019). "A Spatialized Digital Database for All Bird Species in China". Science China Life Sciences. 62 (5). ss. 661-667. doi:10.1007/s11427-018-9419-2. PMID 30900164. Erişim tarihi: 5 Mayıs 2022. 
  11. ^ a b "Chronic Wound Database". WoundsDB. Silesian University of Technology. 2020. 18 Aralık 2020 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 5 Mayıs 2022. 
  12. ^ Kręcichwost, Michał (2021). "Chronic Wounds Multimodal Image Database". Computerized Medical Imaging and Graphics. Cilt 88. s. 101844. doi:10.1016/j.compmedimag.2020.101844. PMID 33477091. Erişim tarihi: 5 Mayıs 2022. 
  13. ^ Galperin MY; Fernández-Suárez XM (January 2012). "The 2012 Nucleic Acids Research Database Issue and the online Molecular Biology Database Collection". Nucleic Acids Res. 40 (Database issue). ss. D1-8. doi:10.1093/nar/gkr1196. PMC 3245068 $2. PMID 22144685. 
  14. ^ Bolser DM; Chibon PY; Palopoli N; ve diğerleri. (January 2012). "MetaBase--the wiki-database of biological databases". Nucleic Acids Res. 40 (Database issue). ss. D1250-4. doi:10.1093/nar/gkr1099. PMC 3245051 $2. PMID 22139927. 
  15. ^ Brazas MD; Yim DS; Yamada JT; Ouellette BF (July 2011). "The 2011 Bioinformatics Links Directory update: more resources, tools and databases and features to empower the bioinformatics community". Nucleic Acids Res. 39 (Web Server issue). ss. W3-7. doi:10.1093/nar/gkr514. PMC 3125814 $2. PMID 21715385. 

Dış bağlantılar

Read other articles:

Matahari Putra Prima

PT Matahari Putra Prima TbkNama dagangMPPA Retail GroupJenisPublikKode emitenIDX: MPPAIndustriEceranDidirikan1986KantorpusatHypermart Gajah Mada Plaza, Jakarta, Indonesia (resmi)Hypermart Cyberpark, Lippo Village, Tangerang, Banten, Indonesia (operasional)TokohkunciJohn Bellis (Chairman)Bunjamin Jonatan Mailool (CEO)ProdukRitelFarmasiPemilikLippo Group (melalui Multipolar)Situs webwww.mppa.co.id PT Matahari Putra Prima Tbk atau dikenal dengan nama MPPA Retail Group adalah peritel modern-multi...

 

Auto-Cycle Union

Governing body of motorcycle sport in Great Britain This article has multiple issues. Please help improve it or discuss these issues on the talk page. (Learn how and when to remove these template messages) This article needs additional citations for verification. Please help improve this article by adding citations to reliable sources. Unsourced material may be challenged and removed.Find sources: Auto-Cycle Union – news · newspapers · books · scholar �...

 

Ekspress AM22

Artikel ini sebatang kara, artinya tidak ada artikel lain yang memiliki pranala balik ke halaman ini.Bantulah menambah pranala ke artikel ini dari artikel yang berhubungan atau coba peralatan pencari pranala.Tag ini diberikan pada Desember 2022. Ekspress AM22 (Rusia: Экспресс АМ22, berarti Ekspres AM22) adalah satelit komunikasi milik Rusia Satellite Communications Company (RSCC) yang berbasis di Moskwa. Satelit memiliki total 24 transponder, 12 di antaranya disebut sebagai SESAT 2,...

Taman Buttes Chaumont

Taman Buttes Chaumont Taman Buttes Chaumont adalah taman umum yang terletak di timur laut Paris, Prancis, di arondisemen ke-19. Menempati 24,7 hektar (61 hektar), itu adalah taman terbesar kelima di Paris, setelah Bois de Vincennes, Bois de Boulogne, Parc de la Villette dan Taman Tuileries. Dibuka pada tahun 1867, di akhir rezim Napoleon III, dibangun sesuai rencana oleh Jean-Charles Adolphe Alphand, yang menciptakan semua taman utama yang diminta oleh Kaisar. Taman ini memiliki jalan sepanja...

 

Common slender mongoose

Species of mongoose from Africa Common slender mongoose Common slender mongoose in Serengeti National Park Conservation status Least Concern  (IUCN 3.1)[1] Scientific classification Domain: Eukaryota Kingdom: Animalia Phylum: Chordata Class: Mammalia Order: Carnivora Suborder: Feliformia Family: Herpestidae Genus: Herpestes Species: H. sanguineus Binomial name Herpestes sanguineus(Rüppell, 1835) Slender mongoose range Synonyms Galerella sanguinea The common slender mongoose...

 

TI-81

Graphing calculator produced by Texas Instruments This article needs additional citations for verification. Please help improve this article by adding citations to reliable sources. Unsourced material may be challenged and removed.Find sources: TI-81 – news · newspapers · books · scholar · JSTOR (December 2011) (Learn how and when to remove this template message) TI-81A 1994 TI-81 showing graphsTypeGraphing calculatorManufacturerTexas InstrumentsIntrod...

André Dias

André Dias André Dias nel 2010 con la maglia del San Paolo Nazionalità  Brasile Altezza 184 cm Peso 80 kg Calcio Ruolo Difensore Termine carriera 1º luglio 2014 Carriera Giovanili 199?-1998 Pales. de São Bernardo Squadre di club1 1998-2001 Paraná37 (2)2002 Flamengo11 (0)2003 Paysandu26 (1)2004-2005 Goiás74 (3)2006-2009 San Paolo109 (6)2010-2014 Lazio111 (5) 1 I due numeri indicano le presenze e le reti segnate, per le sole partite di campionato....

 

ソー (オー＝ド＝セーヌ県)

Sceaux 行政国 フランス地域圏 (Région) イル＝ド＝フランス地域圏県 (département) オー＝ド＝セーヌ県郡 (arrondissement) アントニー郡小郡 (canton) 小郡庁所在地INSEEコード 92071郵便番号 92330市長（任期） フィリップ・ローラン（2008年-2014年）自治体間連合 (fr) メトロポール・デュ・グラン・パリ人口動態人口 19,679人（2007年）人口密度 5466人/km2住民の呼称 Scéens地理座標 北緯48度4...

 

Горностай

У этого термина существуют и другие значения, см. Горностай (значения). Горностай Научная классификация Домен:ЭукариотыЦарство:ЖивотныеПодцарство:ЭуметазоиБез ранга:Двусторонне-симметричныеБез ранга:ВторичноротыеТип:ХордовыеПодтип:ПозвоночныеИнфратип:Челюстнороты...

نهائي بطولة أمم إفريقيا للمحليين 2009

نهائي بطولة أمم أفريقيا للمحليين 2009ملعب فيليكس هوفويت-بواني، حيث فيه لُعِبَت المباراة النهائية.الحدثنهائي بطولة أمم أفريقيا للمحليين 2009 جمهورية الكونغو الديمقراطية غانا 2 0 التاريخ8 مارس 2009 (2009-03-08)الملعبملعب فيليكس هوفويت-بواني، أبيدجانالحكمنوماندييز دويالحضور3...

 

Stipule

Appendage of a leaf in flowering plants In botany, a stipule is an outgrowth typically borne on both sides (sometimes on just one side) of the base of a leafstalk (the petiole). Stipules are considered part of the anatomy of the leaf of a typical flowering plant, although in many species they may be inconspicuous —or sometimes entirely absent, and the leaf is then termed exstipulate. (In some older botanical writing, the term stipule was used more generally to refer to any small leaves or l...

 

Illahee State Park

State park in Washington (state), United States Illahee State ParkLocation in the state of WashingtonShow map of Washington (state)Illahee State Park (the United States)Show map of the United StatesLocationKitsap, Washington, United StatesCoordinates47°35′49″N 122°35′55″W / 47.59694°N 122.59861°W / 47.59694; -122.59861[1]Area82 acres (33 ha)Elevation269 ft (82 m)[1]Established1934[2]OperatorWashington State Parks and R...

Kish (Sumer)

Ancient Sumerian city This article is about the ancient Sumerian city. For the hypothesis about the culture of the city, see Kish civilization. Not to be confused with Kesh (Sumer). Kish{{{1}}}KishShown within IraqLocationTell al-Uhaymir, Babil Governorate, IraqRegionMesopotamiaCoordinates32°32′25″N 44°36′17″E / 32.54028°N 44.60472°E / 32.54028; 44.60472TypeSettlementHistoryFoundedUbaid periodPeriodsUbaid to HellenisticSite notesExcavation dates1852, 1...

 

George Read

Cet article est une ébauche concernant une personnalité américaine. Vous pouvez partager vos connaissances en l’améliorant (comment ?) selon les recommandations des projets correspondants. Pour les articles homonymes, voir Read. George ReadGeorge ReadFonctionsSénateur des États-Unis3e Congrès des États-UnisDelaware Class 1 senate seat (d)4 mars - 18 septembre 1793Henry Latimer (en)Sénateur des États-Unis2e Congrès des États-UnisDelaware Class 1 senate seat (d)4 mars 1791 -...

 

Cassava production in the Democratic Republic of the Congo

A cassava plant in the DRC Cassava (Manihot esculenta) production is important to the economy of Democratic Republic of the Congo (DRC). It is one of the country's principal crops, with per capita consumption of 353 kg per year, which is the highest in the world.[1] Zaire, now the DRC, was the world's largest consumer of cassava with Republic of the Congo ranked second in 1996.[2] History Cassava, a perennial crop, originally from South America, was introduced in the Cong...

American Motors Corporation

Defunct American automobile company Not to be confused with American Motors Incorporated. American Motors CorporationLogo from 1970 until 1987IndustryAutomotivePredecessor Hudson Motor Car Company Thomas B. Jeffery Company Nash-Kelvinator Corporation Kaiser Jeep Kaiser Motors Willys Overland FoundedMay 1, 1954; 70 years ago (1954-05-01)[1]FounderGeorge W. MasonDefunctJune 20, 1988; 36 years ago (1988-06-20)FateAMC was renamed Jeep Eagle Corporation ...

 

2015 Southampton City Council election

2015 UK local government election 2015 Southampton City Council election ← 2014 7 May 2015 2016 → A third of seats to Southampton City Council23 seats needed for a majority   First party Second party Third party   Party Labour Conservative Independent Seats won 12 8 1 Seats after 26 20 2 Seat change 2 1 Popular vote 35,085 34,928 2,498 Percentage 34.2 34.1 2.4 Swing 7.1% 3.6% 1.6% Map showing the election results. Each ward represents 1 seat...

 

Raden Wijaya

Raden WijayaNararya Sanggramawijaya Sri Maharaja Kertarajasa JayawardhanaRaja Pertama MajapahitBerkuasa Majapahit (1293 - 1309)Penobatan15 Kartika 1215 Saka (10 November 1293)PenerusJayanegaraInformasi pribadiKelahiranDyah WijayaKematian1309 MajapahitPemakamanDidharmakan di candi simping, BlitarWangsaRajasaNama lengkapNararya SanggramawijayaNama takhtaSri Narpati Kertarajasa JayawardhanaAyahDyah Lembu Tal menurut Nagarakretagama[1]Permaisuri Tribhuwaneswari IstriTribhuwaneswariNarend...

Sd.Kfz. 223

Эту статью предлагается удалить.Пояснение причин и соответствующее обсуждение вы можете найти на странице Википедия:К удалению/13 февраля 2023.Пока процесс обсуждения не завершён, статью можно попытаться улучшить, однако следует воздерживаться от переименований или немо...

 

Louise Cromwell Brooks

Mrs W.J. Brooks, Jr. dan anak-anaknya Henrietta Louise Cromwell Brooks (14 September 1890 – 30 Mei 1965) adalah seorang sosialita asal Amerika yang menikah empat kali termasuk tujuh tahun sebagai istri pertama Jenderal Douglas MacArthur. Ia dianggap merupakan salah satu wanita muda paling cantik dan atraktif di Washington.[1] Biografi Ia lahir sekitar tahun 1890 dari pasangan Eva Roberts Cromwell dan Oliver Eaton Cromwell. Saudaranya adalah James H. R. Cromwell, diplom...