Orijinal Ben 10 dizisinden beş yıl sonra, Ben Tennyson, Omnitrix'i kaldırır ve normal bir lise hayatı yaşar. Büyükbaba Max'i görmek için Pas Kovası'nı ziyaret eden Ben, Max'in kayıp olduğunu ve kaçan gizemli bir uzaylıyla karşılaşır. Karavanda arama yapan Ben, Max tarafından bırakılan ve Dünya'daki yenilenen uzaylı faaliyetlerini araştırdığını ve Omnitrix'e sahip olduğunu iddia eden bir mesaj bulur. Ben, Omnitrix'in hâlâ yatak odasında olduğunu doğrular ve Max'in Ben'e Omnitrix'i tekrar takması için ima ettiği sonucuna varır. Ben, kuzeni Gwen'e danışır ve ikisi, kaybolmadan önce Max'e soruşturmasında yardım eden bir Tesisatçı olan Magister Labrid ile karşı karşıya kalır. Max'i bulmak için birlikte çalışmayı kabul ederler ve Ben, Omnitrix'i tekrar kullanır. Üçlü, Sonsuz Şövalyeler ile Ben'e saldıran bir grup uzaylı arasındaki yasadışı bir ticareti bozar. Savaş sırasında, Omnitrix yeniden ayarlanarak Ben'e on yeni uzaylı formuna erişim sağlar. Daha sonra Ben, ticaretin komisyoncusu olan ve yendiği eski düşmanı Kevin Levin ile dövüşür. Kevin, kaçan Sonsuz Şövalyelerin izini sürmeye yardım etmeyi isteksizce kabul eder ve grup, robotik bir ejderhayla karşılaşacakları bir Sonsuz Şövalye kalesine gider.

Ben, Gwen, Kevin ve Labrid robotik ejderhayı ve Sonsuz Şövalyeleri yener, ancak Labrid ciddi şekilde yaralanır. Ben'e uzaylı komplosunu araştırmaya devam etmesini ve kendine inanmasını söyleyen Labrid ölür. Kevin, Labrid'in Tesisatçı rozetini alarak Ben ve Gwen'e yardıma devam etmeye karar verir. Uzaylıları, devasa bir uzay gemisi barındıran devasa bir yeraltı tesisine kadar takip ederler. Gwen, Max'in daha önce tesiste olduğu, ancak ayrıldığı sonucuna varır. Ben, görevi bitirmeleri gerektiğine karar verir ve neredeyse yenilmez bir Üstün Irk tarafından yönetilen bir uzaylı ordusuyla karşılaştıkları tesisin daha derinlerine doğru ilerlerler. Ben, uzay gemileri fırlatılana kadar Üstün Irk ile düello yapar ve Üstün Irk, faaliyetlerini gizlemek için çevredeki tüm alanın yok edilmesini emreder. Ben, bir hastaneyi yok etmeden hemen önce gemiye zarar vermeyi başarır, gemi çölde çöker ve patlar. Ben, Gwen ve Kevin, Büyükbaba Max'e ne olduğunu bulmak için birlikte çalışmaya devam etmeye karar verir.

Max'in nerede olduğunu araştırmak için Ben, Gwen ve Kevin, bir Tesisatçı rozeti sinyali alırlar ve yerel yetkililerin bir Pyronite'nin (Ben'in uzaylı Ateş Topu türü) peşinde olduğu Grover's Mill kasabasına girerler. Ben, yarı insan yarı Pyronite Alan'ı yakalar; Babası bir Pyronite Tesisatçıydı ve yıldızlararası izinsiz girişten tutuklanmasını önlemek için ona rozetini vermişti. Ben, Alan'ın polisten kaçmasına yardım eder ve Gwen'in aslında tüm vadiye yayıldığı sonucuna vardığı ekin çemberlerini araştırırlar. Daha önce savaştıkları (Gen Uzaylılar olarak bilinen) uzaylılar tarafından yapıldığını görürler, bunlar devre kartlarını harekete geçirir ve devasa bir makinenin yükselmesine ve havanın soğutulmasına neden olur. Ben ve Alan hava durumu makinesini yok eder ve şerif, Alan'ın saldırılardan sorumlu olmadığını fark ederek, bölgede daha fazla uzaylı aramaya yardım etmesi için onu yanına alır.

Ben ve Gwen, Kevin'a artık tamamen güveniyorlardır. Kevin, aradığı uzaylı teknolojisinin belirli bir parçasının yerini bildiğini iddia eden Argit adında eski bir arkadaşıyla buluşur ve pazarlık yapabilmek için Max'in karavanını çalar. Ancak içindeki büyük miktarda Tesisatçı teknolojisini ve silahını gördükten sonra Argit Kevin'i aldatır ve karavanı kendisi için çalar. Ekip, Argit'i Kevin'in Paslı Kova'nın alt takımına sakladığı ve Argit'i durdurduğu bir izleme cihazıyla takip eder. Kevin, aradığı uzaylı cihazına sahip olan Vulkanus ile bir anlaşma yapmaya çalışır. Ancak Vulkanus, Kevin'i canlı bir mücevher madeni olarak kullanmayı planlayan Taedenite adlı nadir bir uzaylı kristalini emmeye zorlar. Ben ve Gwen gelir ve Vulkanus'u yenerek Kevin'ı kurtarır. Kevin'ın aradığı cihazın aslında Max'ten gelen bir mesaj olduğu ortaya çıkar.

Ben, Max'in diğer Tesisatçıların çocuklarını bulma isteğini yerine getirmeye çalışırken Gwen ve Kevin, birbirlerine karşı olan hisleri nedeniyle tartışırlar. Ekip, neredeyse bir araba kazasına neden olan zayıflamış bir liseli kızla karşılaşır ve bu kendisini başka bir Tesisatçının çocuğu olarak ortaya çıkaran Michael Morningstar adlı süper güçlü bir çocuk tarafından önlenir. Michael, okulundaki kızların zombileşmiş canavarlara dönüşmesine neden olan bir şey olduğunu açıklar ve birlikte araştırmayı kabul ederler. Ekip ve Michael bir grup zombi kızı bulur ve savaşırlar. Michael'a aşık olan ve Kevin'e sinirlenen Gwen, onunla bir randevuya çıkmayı kabul eder. Michael'a güvenmeyen Kevin, Ben'i onunla kontrol etmeye ikna eder. Burada Michael'ın Gwen'in güçlerini emdiğini ve onu bir zombiye dönüştürdüğünü görürler. Michael'ın sınıf arkadaşlarını zombileştiren, yaşam güçlerini kendileri için çalan kişi olduğu ortaya çıkar. Kevin ve Ben'i dövüşte yenen Michael'ı Gwen yener ve güçlerini geri alır. Michael'in yaşam gücünü emdiği diğer kızlar ondan güçlerini geri alarak Michael'i zombiye çevirirler. Kevin daha sonra Michael'ın Tesisatçı'nın rozetini yok eder ve Ben, Michael'a çok çabuk güvendiği için ondan özür diler.

Gwen, Ben'i Julie Yamamoto'ya yakındaki bir eğlence iskelesine çıkma teklif etmeye ikna eder. Bu arada bir uzay gemisi Dünya'ya düşer ve küçük, simbiyotik bir uzaylıyı serbest bırakır. Uzaylı Julie'yi kaçırır ve Ben'i Galvanik Mechamorf (Güncelleme'nin türü) içinde sıkışıp kaldığı çökmüş bir gemiye çeker. Ben, Mechamorph Baz-l'i kurtarır ve geminin patlamasını önler. Baz-l, "Gemi" lakaplı simbiyotik Mekamorf'un kendisini kurtaracak bir Tesisatçı bulması için gönderildiğini ve Omnitrix yüzünden Ben'i çağırdığını söyler. Baz-l gemiyi onarır ve Dünya'dan ayrılır. Gemiyi de Ben ve Julie'nin bakımına bırakır. Gemi bir tırın peşinden giderken Ben ve Julie birlikte eve yürürler.

Ben, Gwen ve Kevin, Max'in en sevdiği balık avlama noktasında mola verirken, gizemli pelerinli yaşlı bir kadının yakındaki bir ağacın dibine pembe-sarı bir çiçek bıraktığını görürler. Ekip onu yakalamaya çalıştığında aniden kaybolur. Yaşlı kadın tekrar ortaya çıkana kadar bölgeyi bir süre gözetlemeye karar verirler. Tekrar ortaya çıktığında Ben ve Kevin onunla dövüşür ve tıpkı Gwen'inki gibi sihirli güçlere sahip olduğu ortaya çıkar. Ancak, Gwen'in güçlerini kendisine karşı kullandığını görünce şaşırır. Gwen'in doğuştan gelen mistik güçlerinin uzun zamandır kayıp olan Büyükkaneleri Verdona'dan miras kaldığı ortaya çıkar. Verdona, Gwen'i insan vücudundan çıkmaya ve en içteki anodit benliğinin tüm gücünü ve yeteneklerini benimsemeye ikna etmeye çalışır. Ancak Gwen inatla reddeder. Verdona isteksizce ayrılır ve ara sıra ziyarete geri döneceğine söz verir.

Paradox ve Azmuth, Ben'i yaklaşan Üstün Irk filosu hakkında uyarmak için Dünya'ya gelirler. Gwen ve Kevin, tehdide karşı koymak için tanıştıkları tüm müttefikleri toplar. Bu arada Azmuth, Ben'e Omnitrix'in galaksideki her canlı türün DNA'sını içerdiğini ve toplamda 1.000.910 olduğunu söyler. Ben'in Üstün Irk ile etkili bir şekilde savaşabilmesi için ana kontrol kilidini açar.

Ben, Gwen, Max ve Kevin, yanlışlıkla uyanan bir Üstün Irk tarafından harekete geçirilen bir canavarı engellemek zorundadır.