Oyunun ana karakteri: Ezio Auditore De Firenze, Floransa asilzadesi, Desmond Miles'ın atalarından biri ve Assasin Kardeşliğinin Mentor'u ve 1503 - 1513 yılları arasında Assasin Kardeşliğinin Dünya Lideri
Lucy, Desmond’u Abstergo’dan kaçırıp onu gizlenme yerlerine götürür. Sonra suikastçı arkadaşları olan Shaun ve Rebecca ile tanıştırır. Ayrıca Lucy, ona güncellenmiş bir Animus’u da gösterir. Desmond, tekrar göreve gönüllü olur. Bu sefer 1476 yılında Floransa Cumhuriyeti’nde yaşamış ve Desmond' un bir diğer atası olan Ezio Auditore da Firenze’nin anılarını keşfe başlar. Desmond, Animus’un “Kanama Etkisi” sayesinde Ezio'nun yeteneklerini elde etmeye çalışır. Böylece suikastçılara yardım edebilecektir.
Ezio'nun babası ve kardeşleri, tapınakçı biri olan Uberto Alberti tarafından idam edilir. Ezio, Uberto'yu öldürüp intikamını alır ve annesini ve kız kardeşini Tuscan bölgesindeki villalarına kaçırır. Bu sırada amcası Mario'dan suikastçılık eğitimi alır. Ayrıca mucit Leonardo da Vinci ile arkadaş olur. Leonardo, Altaïr’in anılarını içeren kodeksleri çözmek için Ezio’ya yardım eder. Ayrıca bu kodekslerden Ezio için yeni silahlar yapar. (not: Altaïr’in o yıllarda bu tür ateşli silahlar hakkında bilgi sahibi olmasının nedeni Piece of Eden’ ın özelliklerini araştırmasından kaynaklanır. Piece of Eden sayesinde geçmiş ve gelecekten bilgi taşınabilir.) Ezio bu 30 kodekse “Eagle Vision“ (Kartal Görüşü) ile bakınca bir harita görür. Bu harita dünya üzerindeki nesnelerin yerlerini göstermektedir. Ezio babasının ölümüne sebep olanları öldürür ama bir asilzade ve tapınakçı olan Rodrigo Borgia’yı bırakır. Ezio, Rodrigo’yu yendikten sonra Apple of Eden’ı (Cennetin ‘Elma’sı) ele geçirir. Apple of Eden, Piece of Eden’ın bir türüdür. Rodrigo kaçar.
Rodrigo, başka bir Piece of Eden olan Papal Staff’ı ele geçirmiştir. Bununla gizli odaya girmeye çalışır. Ezio, Rodrigo’yu alaşağı eder ama hayatını bağışlar. Sonra odaya gider ve adı Minerva olan bir kadının holografik bir görüntüsüyle karşılaşır. Minerva, “Önceden Gelenler” (Those Who Came Before) denilen önceki medeniyettendir. Minerva, büyük bir felaketin yaşandığını ve bu felaketin medeniyetinin sonunu getirdiğini ayrıca bu felaketin ileride tekrar yaşanacağını söyler. Ezio'nun anılarından Minerva, direkt olarak Desmond'a “Gerisi sana kalmış, Desmond.” (The rest is up to you, Desmond.) der ve Ezio'un yanı sıra Desmond, Lucy, Shaun ve Rebecca'yı da kafaları karışık halde bırakır.
Abstergo, Desmond'un yerini tespit eder ve Desmond ve suikastçı takımı oradan kaçar. Sonra Desmond'u başka ipuçları bulmak için tekrar Animusa sokarlar.
Desmond, Ezio'nun anılarını incelerken bazı yerlerde kendinden önce kaçırılan ve Abstergo tarafından Animusta uzun süre tutulduğu için ölümüne sebep olunan deneğin (Subject 16) bıraktığı bazı parçaları araştırır. Bu parçaları birleştirdiğinde Adem (Adam) ve Havva'nın (Eve) Apple of Eden (Cennetin ‘Elma’sı) ile kaçtıkları görülür.
Altair ya da büyük büyük dedesi suikatçıların lideridir.Kodes sayfaları oğuldan oğla Ezio'ya geçer ve inceleyerek altın elmaların yerlerini keşfetmesi lazımdır. Fakat saklı olduğundan araması lazımdır. Büyük büyük dedesinin zırhı alabilmek için sembolleri toplaması gerekmektedir.
Geliştirme Süreci
26 Kasım 2008'de Yves Gullemot Assassin's Creed 2'nin geliştirilmekte olduğu resmen doğruladı. Çoğu kişi oyunun Fransız ihtilalindeki olaylar çevresinde geçeceğini iddia etse de sonradan yanlış olduğu anlaşıldı.[11]
6 Nisan 2009'da bir üzerinde kafatası, bazı gizli bıçak tasarıları ve Leonardo'nun uçan makinesinin çizimleri olan bir kâğıt içeren bir video yayınlandı.[11]
16 Nisan 2009'da Game Informer dergisi, oyunla ilgili bazı detaylar ve Ezio'nun resimlerini yayınladı. Ubisoft ise başka bir trailer yayınladı ve oyunu resmen duyurdu.[12]
Mayıs 2009'da Sebastien Puel ile yapılan bir röportajda oyunun yapımında 450 kişinin çalıştığı, bunun ilk oyununkinin üç katı olduğu açıklandı.[13]
1 Haziran 2009'da Ubisoft E3'te 4 dakikalık oyunun başlangıç videosunu yayınladı.[14]
2 Haziran 2009'da Sony Pres Konferansında 6 dakikalık ilk oyun içi video yayınlandı.[15]
Sınırlı sürüm
Oyunun siyah ve beyaz olmak üzere iki sınırlı sürümü olacak. Siyah sınırlı sürümde oyunun bir bölümünde kazanılan pelerinli "Usta Suikastçı" Ezio heykelciği, oyun içinde 3 bölüm daha fazla, oyunun geliştirilmesiyle ilgili bilgi veren "Gizli Anlaşma" kitabı ve oyunun bestecisi Jesper Kyd tarafından hazırlanmış oyunun müzikleri olacak. Diğer "Beyaz Sürüm" Avustralya'da PlayStation 3 ve Xbox 360 için çıkacak, kişisel bilgisayara çıkmayacak. Bunda da Ezio heykelciği olacak. Eğer erken sipariş verilirse t-shirt de satın alınılabilecek. [kaynak belirtilmeli]
Karakterler
Desmond Miles
Lucy Stillman
Ezio Auditore da Firenze: Auditore ailesinin ortanca oğlu. Assassin's Creed II Oyununun ana karakteri.
Giovanni Auditore: Eski suikastçı ve Ezio'nun babasıdır. Asılarak öldürülmüştür.
Clauida Auditore: Ezio'nun kız kardeşi. Daha sonra Ezio gibi suikastçı olmaya karar verir.
Vieri De Pazzi: Ezio'nun sevmediği bir insandır. Ezio Auditore da Firenze tarafından öldürülmüştür.
Mario Auditore: Ezio Auditore'nin amcasıdır. Montreggionni Kalesi'nde Cesare Borgia tarafından öldürülmüştür.
Rodrigo Borgia: Ezio'nun baş düşmanı ve babasını öldürenlerin komplocusu ve tapınak şövalyelerinin lideri. Cesare Borgia'nın babasıdır. Zehir ile öldürülmüştür.
Francesco De Pazzi: Vieri de Pazzi'nin Babasıdır. Ezio tarafından öldürülmüştür.
Petruccio Auditore da Firenze: Ezio'nun küçük erkek Kardeşidir. Asılarak Öldürülmüştür.
Uberto Alberti: Ezio'nun babasına ihanet etmiş ve asılarak idam edilmesine sebep olmuştur. Ezio Auditore tarafından öldürülmüştür.
Federico Auditore: Ezio'nun ağabeyidir. Aynı küçük kardeşi Petruccio gibi asılarak öldürülmüştür.
Cristina Vespucci: Ezio'nun sevgilisidir. 1498 yılında ölmüştür.
