1933 Üniversite reformu ile birlikte kurulan İstanbul Üniversitesi Fen Fakültesi, yurt dışından davet edilen öğretim üyelerinin de katkıları ile Zeynep Hanım Konağı'nda eğitim öğretime başlamış, 1935 yılında Rasathane, 1936 yılında Botanik Enstitüsü binaları tamamlanmış, ancak 28 Şubat 1942 tarihinde çıkan yangın ile Zeynep Hanım Konağı tamamen yanmıştır. Yeni binanın yapımına başlanmış ve 1952 yılında tamamlanmıştır.
1933 Reformu'ndan önce Darülfünûn içinde öğrenim veren Astronomi, Botanik, Fizik, Jeoloji, Kimya, Matematik ve Zooloji kürsüleri, Reformdan sonra çağdaş anlamda bu görevlerini sürdürmüş ve 1952 yılında da Jeofizik öğrenimi başlamıştır. 1967 yılında Kimya Fakültesi, 1974 yılında da Jeoloji ve Jeofizik bölümleri, Yer Bilimleri Fakültesi olarak ayrılmıştır. 1981 yılında çıkan 2547 sayılı Yükseköğretim Kanunu ile Fakülteler yeniden düzenlenmiş ve Fen Fakültesi Astronomi ve Uzay Bilimleri, Biyoloji, Fizik, Matematik ve Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümleri'nden oluşan bir yapıya kavuşmuştur.
Bölümler
Astronomi ve Uzay Bilimleri
Biyoloji
Fizik
Kimya
Matematik
Moleküler Biyoloji ve Genetik
Bilgisayar Bilimleri
Anabilim dalları
İstanbul Üniversitesi Fen Fakültesi Kimya Bölümü
Anatilik Kimya Anabilim Dalı
Organik Kimya Anabilim Dalı
Fizikokimya Anabilim Dalı
Anorganik Kimya Anabilim Dalı
İstanbul Üniversitesi Fen Fakültesi Astronomi ve Uzay Bilimleri Bölümü
Astrofizik Anabilim Dalı
Genel Astronomi Anabilim Dalı
İstanbul Üniversitesi Fen Fakültesi Biyoloji Bölümü
Biyoteknoloji Anabilim Dalı
Botanik Anabilim Dalı
Çevre Biyolojisi ve Ekolojisi Anabilim Dalı
Genel Biyoloji Anabilim Dalı
Hidrobiyoloji Anabilim Dalı
Moleküler Biyoloji Anabilim Dalı
Temel ve Endüstriyel Mikrobiyoloji Anabilim Dalı
Zooloji Anabilim Dalı
İstanbul Üniversitesi Fen Fakültesi Fizik Bölümü
Atom ve Molekül Fiziği Anabilim Dalı
Genel Fizik Anabilim Dalı
Katıhal Fiziği Anabilim Dalı
Matematiksel Fizik Anabilim Dalı
Nükleer Fizik Anabilim Dalı
Yüksek Enerji Ve Plazma Fiziği Anabilim Dalı
İstanbul Üniversitesi Fen Fakültesi Matematik Bölümü