Ang Melilli ay nakatayo sa halos 310 metro (1,020 tal) sa taas ng nibel ng dagat malapit sa kabundukan ng Monti Climiti, kung saan matatanaw ang Look ng Megara at ang industriyal na distrito ng Augusta-Priolo.
Ang presensya ng tao sa lugar ay pinatunayan mula noong Panahon ng Tanso. Ang estratehikong sitwasyon nito sa pagitan ng mga pangunahing lungsod ng Augusta at Sircausa ay may mahalagang papel sa paglago nito. Sa panahon ng piyudal, naging dominyo ito ng Kondado ng Augusta.
Nagawa nitong muling mabuhay pagkatapos ng dalawang mapangwasak na lindol noong 1542 at 1693. Mula noong 1842 ito ay isang awtonomong lungsod.
