Ang paglibing kay Marcos, na namatay noong 1989, sa Libingan ng mga Bayani ay naging kontrobersyal na isyu sa kadahilanan na ang mga tumutol, kabilang na mga dito ang mga biktima sa paglabag sa mga karapatang pantao noong brutal na panahon ng pamumuno ng diktador at mga kalahok sa Rebolusyong EDSA, ay tumutol sa mga pagtangkang pagpalibing. Binabanggit nila ang talamak na katiwalian, pagkakampihan at paboritismo ng kanyang administrasyon; ang pagsasagawa nito ng pagpapatahimik ng mga hindi sumasang-ayon at sumasalungat dito sa pamamagitan ng pag-aresto, pwersahang pagkawala, at pagpapahirap ng pulisya at militar; at ang kilalang kleptokrasiya ng kanyang pamilya at kamag-anak na tinatayang nagkakahalaga ng sampung bilyong dolyar na halaga ng ninakaw na pera na nakakuha kay Ferdinand at sa kanyang asawang si Imelda ng Guinness World Record para sa "The Greatest Theft of a Government". [5][6][7][8] Nahati ang pananaw sa pagkakalibing sa kanya: 50% ng 1,800 na mga tagatugon ng survey na isinagawa ng SWS noong Pebrero 2016 ang nagsabing si Marcos ay "karapat-dapat na ilibing sa Libingan ng mga Bayani" habang ang kalahati naman ay tumutol sa pagkalibing niya bilang isang bayani. [9]
Mayroong nagkasalungat na mga salaysay kung saan gustong libingan ng namatay na si Marcos. Sinabi ni dating Interior Secretary Rafael Alunan III, isa sa mga lumagda sa kasunduan na ilipat ang bangkay ni Marcos mula sa Hawaii patungo sa Pilipinas noong termino ng noo'y Pangulong Fidel V. Ramos, na nais ni Marcos na mailibing sa tabi ng kanyang ina sa kanyang bayan sa Batac, Ilocos Norte, habang ang kanyang asawang si Imelda Marcos ay nagsabi na ang kanyang hiling ay mailibing sa Maynila at iginiit na siya ay karapat-dapat ilibing sa Libingan ng mga Bayani.
Ang mga dating pangulong sina Corazon Aquino and Fidel V. Ramos ay hindi sumang-ayon at tunutulan ang mga pagtangka para mailibing si Marcos sa Libingan ng mga Bayani sa panahon ng kani-kanilang termino, samantala si dating-pangulong Joseph Estrada ay nagtangka na maMarcos at the Libingan ng mga Bayani but later cancelled the burial. Nagpasya si Pangulong Benigno Aquino III na huwag payagan ang bangkay ni Marcos na mailibing sa sementeryo. [10]Si Rodrigo Duterte, sa panahon ng kampanya at mga debate at pati na rin sa pagkapanalo sa halalan sa pagkapangulo, ay paulit-ulit na iginiit ang kanyang mga plano para sa paglilibing ng mga labi, na sinasabing ang aksyon ay naaayon sa mga umiiral na batas ng Pilipinas, pati na rin ang paggigiit na ilibing. magiging instrumento para sa pagsisimula ng "nation-wide healing" ngunit ang plano ay sinalubong ng kritisismo dahil sa inaakalang historikal na rebisyunismo . Matapos itong maantala noong Setyembre 13, 2016, at muli noong Oktubre 18 sa parehong taon, noong Nobyembre 8, pinahintulutan ng Korte Suprema ang paglilibing kay Ferdinand Marcos sa Libingan ng mga Bayani. [11] Ang paglilibing kay Marcos, na may mga parangal sa militar, ay isinagawa sa isang pribadong seremonya noong Nobyembre 18, 2016. [12] Nagbunga ito ng mga protesta sa buong bansa ng mga grupo, sektor, at personalidad na tumututol sa paglilibing kay Marcos sa sementeryo ng estado. [13]