Boban hade sin storhetstid i AC Milan där han var en centralfigur under större delen av 1990-talet. Under hans tid i Milan blev han italiensk mästare fyra gånger och vann UEFA Champions League 1994. Bobans största framgång med det kroatiska landslaget kom 1998, då man tog VM-brons. Boban spelade totalt 51 landskamper och gjorde på dessa 12 mål.