Yakushima ligger cirka 60 kilometer söder om Kyushuön och cirka 135 km söder om Kagoshima.
Ön är av vulkaniskt ursprung och har en areal om cirka 504,5 km². Klimatet är subtropiskt vid kusten men kallare i inlandet. De högsta höjderna är Miyanoura-dake på cirka 1 935 meter över havet samt Nagata-dake på cirka 1 886. och ytterligare ett 30-tal bergstoppar över 1 000 meters höjd.
Yakushima har mycket hög årsnederbörd på mellan 4 000 och 10 000 mm/år och täcks till stora delar av täta skogsområden med mycket gamla cederträd (’’Cryptomeria japonica’’, kallad sugi). Delar av ön utgör nu en del av nationalparken Kirishima-Yaku.
Befolkningen uppgår till cirka 12 250 invånare. Hela ön tillhör kommunen Yakushima som bildades 2007 genom en sammanslagning av kommunerna Yaku-chō på öns sydvästra del och Kamiyaku-chō i nordöst. Respektive kommundel omfattar en rad byar (1). Förvaltningsmässigt tillhör ön Kagoshima prefektur.
Öns flygplats Yakushima Airport (flygplatskod "KUM") har kapacitet för lokalt flyg och ligger nära orten Koseda på öns nordöstra del. Ön kan även nås med fartyg och det finns regelbundna färjeförbindelse med staden Kagoshima på fastlandet. Restiden är cirka 3 timmar.
Historia
Det är osäkert när ön upptäcktes, de första dokumenterade omnämnandena finns i boken Nihonshoki från 720-talet.
1609 invaderades Ryūkyūriket av den japanska Satsumaklanen under den dåvarande Daimyo som då kontrollerade området i södra Japan. Ögruppen införlivades 1624 i Satsumariket.
