Den 1 september 1939 anföll Tyskland sin östra granne Polen och Engler utsågs då till chef för civilförvaltningen i Regierungsbezirk Kattowitz. Året därpå var han verksam inom Generalguvernementets inre förvaltning. I augusti 1941 utnämndes han till stabschef i distriktet Lublin och därmed guvernören Ernst Zörners närmaste man.[1] Som distriktets stabschef hade Engler ofta möten med generalguvernören Hans Frank, med vilken han diskuterade "den slutgiltiga lösningen". Vid Generalguvernementets regeringssammanträde den 17 oktober 1941 förordade Engler ytterligare restriktioner för judarna i Generalguvernementets getton; han begärde att det för judarna skulle vara belagt med dödsstraff att påträffas utanför gettot utan giltigt skäl.[2]
I början av år 1943 avskedades Zörner som guvernör i Lublins distrikt, då han motsatte sig fortsatt germanisering av Lublin-distriktet. Zörner menade, att varje repressiv åtgärd från tysk sida ledde till att den polska motståndsrörelsen växte. Några månader senare avskedades även Engler från sitt ämbete med förevändningen att han varit medlem av Reichsbanner Schwarz-Rot-Gold. Därtill ville den nye guvernören i Lublin-distriktet, SS-general Richard Wendler, ha en trogen stabschef som omfattade den tyska ockupationsmaktens officiella linje. Engler efterträddes av Ernst Schlüter.[1]
Efter andra världskriget
Engler befann sig på listan över efterlysta hos de amerikanska myndigheterna, men då hans förnamn och födelseår saknades undgick han gripande. Genom ett beslut av den franska militärregeringen pensionerades Engler officiellt den 31 december 1946. Som pensionär ägnade sig Engler åt konst och valdes till vice ordförande för Badens konstförening. År 1954 utnämndes han till regeringsdirektor och mottog Förbundsrepubliken Tysklands förtjänstorden med band. Engler råkade 1956 ut för en olycka och dog två år senare.
Frank, Hans (1975). Werner Präg und Wolfgang Jacobmeyer. red (på tyska). Das Diensttagebuch des deutschen Generalgouverneurs in Polen, 1939–1945. Stuttgart: Deutsche Verlags-Anstalt. ISBN 3-421-01700-X
Klee, Ernst (2007) (på tyska). Das Personenlexikon zum Dritten Reich (2). Frankfurt am Main: Fischer Taschenbuch Verlag. ISBN 978-3-596-16048-8
Musial, Bogdan (1999) (på tyska). Deutsche Zivilverwaltung und Judenverfolgung im Generalgouvernement. Wiesbaden: Harrassowitz. ISBN 3-447-05063-2