Han var son till handlanden Carl Gustaf Lundqvist och Adelaide Brattberg, och var från 1900 gift med Anna Ahrenberg, dötter till skeppsreadren Theodor Ahrenberg.
Werner Lundqvist genomgick Göteborgs handelsinstitut och arbetade därefter på kontor i Hamburg och sedan på ett rederikontor i Göteborg. 1898 grundade han sitt eget rederi, som 1917 gick upp i Svenska Lloyd.
1899 flyttade Lundqvist till Örgryte, där han ett par år senare, 1903, lät uppföra en nationalromantisk villa som döptes till Soltorpet. Arkitekt var Georg Nordström. 1915 blev Lundqvist ordförande i Örgryte kommunalnämnd och handlade då kommunens införlivande 1922 med Göteborgs stad. Från 1931 var han konsul för Uruguay.
År 1917 köpte Lundkvist halvön Galtarö i nuvarande Stenungsunds kommun, som han ägde till år 1939. Centrum för hans vistelse på Galtarö var den s.k. Storstugan som omnämns flitigt i en serie tryckta häften som kallas Brödrasamtal, skrivna av Lundqvist.
Lundqvist donerade stora summor till Sjöfartsmuseet och Göteborgs konstmuseum i Göteborg, samt till Göteborgs högskola. När Göteborgs konstmuseum öppnade 1925 hade den Lundqvistska samlingen lika stort utrymme som den Fürstenbergska. En central plats intogs av det så kallade Brödrarummet, som också fungerade som mötesplats för Bröderna i Böödalen vid högtidliga tillfällen. Idag är det mesta av den Lundqvistska samlingen splittrad, men Ole Kruses Livets Träd finns kvar på sin ursprungliga placering på Brödrarummets fondvägg.
Jeff Werner "Brodern som bestämde. Werner Lundqvist och Göteborgs konstmuseum", i Skiascope 5: Fådda och försmådda. Samilngarnas historia vid Göteborgs konstmuseum, Göteborg 2012 ISBN 978-91-87968-79-2
Lundqvist, Werner (1926-1927). Soltorpets krönika. Göteborg
Lundqvist, Werner. Brödrasamtal 1922-1928. Göteborg
Lundqvist, Werner. Brödrasamtal år 1931. Göteborg
Lundqvist, Werner. Brödrasamtal åren 1932 och 1933. Göteborg
Lundqvist, Werner. Brödrasamtal åren 1934 och 1935. Göteborg
Lundqvist, Werner. Brödrasamtal åren 1935 och 1936. Göteborg
Lundqvist, Werner. Brödrasamtal år 1937. Göteborg
Lundqvist, Werner. Brödrasamtal år 1938. Göteborg
Lundqvist, Werner. Brödrasamtal år 1939-1941. Göteborg