Vrakmuseet ska bevara och sprida kunskap om Östersjönskulturarv, bland annat genom att berätta om de gamla skeppsvraken. Det finns åtminstone ett hundratal intakta vrak på Östersjöns botten, som är av stort intresse.[3]
Museet lyfte i januari 2018 fram två vrakfynd. Det ena är det medeltida vraket med arbetsnamnet Koggen, där utstickande däcksbalkar med ovanliga knän, enkelt bråspel och andra detaljer indikerar en kogg från 1300- eller 1400-talet. Koggen var den skeppstyp som dominerade i handelsförbindelserna kring Östersjön under Hansatiden.
Det andra vraket, med Osmundvraket (1500-tal)[4][5], antas vara från 1500-talet. Masten står fortfarande rakt upp och skeppet är fullt utrustat. Ombord finns verktyg, köksgeråd och tjugo tunnor osmundjärn. Dessa två vrak, som ligger i Stockholms södra skärgård, kommer inte att bärgas, utan tanken är att besökaren ska få uppleva dem i dramaturgiska framställningar genom 3D-teknik. Många andra skeppsvrak kommer att bli aktuella för framtida presentationer, både via museet och via olika digitala kanaler.
Utställningar
I museet visas bland annat en utställning om skeppet Resande Man, som sjönk i hårt väder i Stockholms skärgård år 1660. I utställningen visas föremål från vraket i form av 3d-projektioner, samt det enda föremål som bärgats: ett kopparmynt. [6]