Vid årsskiftet 1992–1993 blev Sundqvist tvungen att avgå som partiordförande, främst på grund av den så kallade Wayup-skandalen. Skandalen ledde till rättsliga åtgärder och slutligen, den 4 juli 1997, dömde Högsta domstolen Sundqvist och fyra andra direktörer vid förra Arbetarsparbanken att erlägga i skadestånd till staten för oskicklighet vid ledningen av banken inalles över 16 miljoner mark.
Detta blev upptakten till en ny serie rättsprocesser mot Sundqvist där bland andra den dåvarande finansministernArja Alho tvingades avgå sedan hon för statens räkning 1997 eftergivit omkring 15 miljoner mark av statens skadeståndsfordran på Sundqvist som slutligen betalade inalles 1,2 miljoner mark av det ådömda skadeståndet på 16 miljoner mark. I en brottsprocess mot Sundqvist dömdes denne den 8 juni 2001 som bedräglig gäldenär till sex månaders villkorligtfängelse, då han försökt slingra sig från att betala skadeståndet till staten.